More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0483 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  94.89 
 
 
410 aa  767    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  83.29 
 
 
397 aa  664    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
411 aa  838    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  65.07 
 
 
379 aa  506  9.999999999999999e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  62.57 
 
 
388 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.79 
 
 
388 aa  488  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  63.71 
 
 
382 aa  487  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  60.73 
 
 
386 aa  485  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  61.78 
 
 
382 aa  483  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  63.51 
 
 
382 aa  484  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  63.43 
 
 
382 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  61.64 
 
 
385 aa  478  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  62.5 
 
 
382 aa  479  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  61.06 
 
 
383 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  59.95 
 
 
385 aa  471  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  59.63 
 
 
386 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  58.49 
 
 
383 aa  469  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  59.69 
 
 
385 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  59.69 
 
 
385 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  59.69 
 
 
385 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  61.28 
 
 
385 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  59.16 
 
 
385 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  58.22 
 
 
379 aa  464  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  58.38 
 
 
385 aa  462  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  62.03 
 
 
385 aa  464  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  59.79 
 
 
386 aa  464  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  64.11 
 
 
385 aa  462  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.01 
 
 
473 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.23 
 
 
385 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.01 
 
 
473 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.23 
 
 
385 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.01 
 
 
473 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.01 
 
 
473 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.01 
 
 
473 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  59.55 
 
 
382 aa  456  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  61.97 
 
 
387 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  61.69 
 
 
387 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  59.83 
 
 
382 aa  440  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  58.99 
 
 
381 aa  440  9.999999999999999e-123  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  53.39 
 
 
389 aa  410  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  53.07 
 
 
389 aa  404  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  56.62 
 
 
385 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  51.04 
 
 
390 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  52.79 
 
 
389 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  52.79 
 
 
389 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  52.53 
 
 
382 aa  391  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.26 
 
 
389 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.7 
 
 
395 aa  368  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  50.98 
 
 
389 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.86 
 
 
382 aa  360  4e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  53.91 
 
 
397 aa  356  5e-97  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  51.46 
 
 
397 aa  355  5.999999999999999e-97  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  47.49 
 
 
379 aa  350  2e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  44.77 
 
 
383 aa  342  5e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  43.97 
 
 
383 aa  341  1e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.58 
 
 
385 aa  333  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  48.53 
 
 
381 aa  333  4e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  49.31 
 
 
385 aa  332  5e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  49.3 
 
 
385 aa  331  2e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.75 
 
 
385 aa  327  3e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  45.45 
 
 
381 aa  327  3e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.02 
 
 
391 aa  327  3e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.02 
 
 
394 aa  327  3e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.02 
 
 
394 aa  327  3e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  45.15 
 
 
381 aa  323  4e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  45.83 
 
 
377 aa  318  1e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  43.82 
 
 
377 aa  316  6e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  43.92 
 
 
379 aa  315  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  43.38 
 
 
377 aa  311  1e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  41.38 
 
 
381 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  41.83 
 
 
377 aa  301  1e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  41.83 
 
 
380 aa  298  8e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  42.6 
 
 
387 aa  291  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  42.98 
 
 
388 aa  290  3e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  44.63 
 
 
381 aa  288  1e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  41.18 
 
 
388 aa  286  4e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  39.12 
 
 
385 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  39.29 
 
 
377 aa  282  8.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  40.64 
 
 
379 aa  280  5e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  40.21 
 
 
385 aa  278  8e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  43.96 
 
 
384 aa  278  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  40.05 
 
 
384 aa  272  9e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  39.31 
 
 
385 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  39.31 
 
 
381 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  37.8 
 
 
378 aa  256  7e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  39.44 
 
 
392 aa  241  1e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  37.4 
 
 
394 aa  232  1e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  34.89 
 
 
389 aa  215  9e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  34.17 
 
 
394 aa  210  4e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  34.83 
 
 
399 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  36.1 
 
 
393 aa  206  8e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  33.51 
 
 
379 aa  205  1e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  34.48 
 
 
379 aa  205  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  33.94 
 
 
381 aa  199  6e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.77 
 
 
378 aa  199  7.999999999999999e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  33.87 
 
 
379 aa  196  6e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 
393 aa  196  7e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
379 aa  196  8.000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  34.07 
 
 
379 aa  193  4e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  33.07 
 
 
379 aa  192  9e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>