More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1991 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  94.29 
 
 
385 aa  711    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
385 aa  780    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  89.61 
 
 
385 aa  717    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  81.56 
 
 
381 aa  620  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  49.16 
 
 
377 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  48.6 
 
 
377 aa  373  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  48.77 
 
 
379 aa  360  2e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  46.26 
 
 
381 aa  354  1e-96  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  46.92 
 
 
383 aa  350  2e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  45.77 
 
 
377 aa  347  2e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  45 
 
 
381 aa  344  2e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  45.71 
 
 
382 aa  340  2.9999999999999998e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  44.77 
 
 
385 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  44.88 
 
 
379 aa  339  5.9999999999999996e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  45.55 
 
 
380 aa  338  9.999999999999999e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  44.5 
 
 
379 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  46.07 
 
 
385 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  44.57 
 
 
385 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  44.77 
 
 
385 aa  336  5e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  46.69 
 
 
377 aa  336  5e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  44.77 
 
 
385 aa  336  5e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  44.77 
 
 
385 aa  336  5e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  44.72 
 
 
382 aa  335  5.999999999999999e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  44.92 
 
 
386 aa  335  7e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  44.17 
 
 
383 aa  334  1e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  44.77 
 
 
386 aa  333  4e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  45.79 
 
 
382 aa  331  2e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.14 
 
 
385 aa  331  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  45.66 
 
 
382 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  43.5 
 
 
388 aa  330  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.71 
 
 
388 aa  329  4e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  45.94 
 
 
382 aa  329  5.0000000000000004e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.56 
 
 
386 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  44.44 
 
 
382 aa  325  1e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  44.39 
 
 
385 aa  325  1e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  44.69 
 
 
389 aa  324  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.41 
 
 
385 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  43.88 
 
 
379 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  42.66 
 
 
382 aa  315  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.42 
 
 
389 aa  312  5.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.42 
 
 
389 aa  312  6.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  41.86 
 
 
390 aa  312  7.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.62 
 
 
473 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.62 
 
 
473 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.62 
 
 
385 aa  311  9e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.62 
 
 
473 aa  311  9e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.62 
 
 
385 aa  311  9e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.62 
 
 
473 aa  311  9e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.62 
 
 
473 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  40.89 
 
 
387 aa  309  5e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  44.54 
 
 
385 aa  309  6.999999999999999e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  44.17 
 
 
382 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  42.62 
 
 
385 aa  306  3e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  42.02 
 
 
389 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  40.94 
 
 
379 aa  299  5e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  41.5 
 
 
388 aa  298  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  40.84 
 
 
384 aa  296  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  42.5 
 
 
384 aa  296  4e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  40.21 
 
 
411 aa  292  5e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.13 
 
 
395 aa  292  7e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  38.78 
 
 
388 aa  291  1e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  39.47 
 
 
397 aa  286  5e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.55 
 
 
410 aa  286  5e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  41.06 
 
 
381 aa  285  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  40.91 
 
 
378 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.43 
 
 
382 aa  279  6e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  41.18 
 
 
377 aa  277  2e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.39 
 
 
389 aa  276  4e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  39.18 
 
 
389 aa  276  4e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  42.13 
 
 
387 aa  275  9e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  39.2 
 
 
383 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  38.93 
 
 
383 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  41.85 
 
 
387 aa  272  6e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  39.09 
 
 
381 aa  271  1e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  40.16 
 
 
385 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  40.39 
 
 
385 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  39.07 
 
 
381 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.83 
 
 
385 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.55 
 
 
385 aa  259  8e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  38.2 
 
 
397 aa  258  2e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.28 
 
 
391 aa  256  6e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.28 
 
 
394 aa  256  6e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.28 
 
 
394 aa  256  6e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  37.93 
 
 
397 aa  255  1.0000000000000001e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  37.91 
 
 
381 aa  252  7e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  31.49 
 
 
380 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 
392 aa  164  3e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
385 aa  162  7e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  29.85 
 
 
379 aa  160  3e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 
383 aa  158  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 
379 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
379 aa  152  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  29.82 
 
 
393 aa  152  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 
379 aa  150  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.38 
 
 
378 aa  149  6e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
380 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 
379 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 
394 aa  146  6e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
379 aa  146  6e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 
381 aa  146  6e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>