More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_0900 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
379 aa  766    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  61.24 
 
 
377 aa  450  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  50.14 
 
 
382 aa  352  5e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  48.25 
 
 
379 aa  348  7e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  46.35 
 
 
377 aa  348  1e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  46.07 
 
 
383 aa  348  1e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  48.75 
 
 
381 aa  347  2e-94  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  49.18 
 
 
379 aa  345  6e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  46.07 
 
 
377 aa  344  1e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  45.21 
 
 
377 aa  339  5.9999999999999996e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  47.14 
 
 
388 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.09 
 
 
388 aa  331  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  48.88 
 
 
382 aa  330  2e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  48.33 
 
 
385 aa  330  3e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  45.16 
 
 
389 aa  330  3e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  45.51 
 
 
382 aa  328  7e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  45.56 
 
 
382 aa  328  7e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  45.84 
 
 
381 aa  325  9e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  46.78 
 
 
379 aa  325  1e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  44.79 
 
 
390 aa  323  3e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  45.19 
 
 
385 aa  323  3e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  43.38 
 
 
386 aa  318  7e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  43.78 
 
 
386 aa  318  1e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  43.92 
 
 
411 aa  315  9e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  44.04 
 
 
377 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.18 
 
 
410 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.77 
 
 
385 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  44.21 
 
 
382 aa  311  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  42.93 
 
 
383 aa  311  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  42.9 
 
 
385 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  43.92 
 
 
397 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  42.9 
 
 
385 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  42.9 
 
 
385 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.65 
 
 
385 aa  309  4e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.65 
 
 
473 aa  309  4e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.65 
 
 
473 aa  309  4e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.65 
 
 
385 aa  309  4e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.36 
 
 
385 aa  308  8e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.97 
 
 
473 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.97 
 
 
473 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  43.54 
 
 
385 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  43.33 
 
 
385 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.97 
 
 
473 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  41.78 
 
 
382 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  42.36 
 
 
385 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  41.78 
 
 
389 aa  306  3e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.01 
 
 
386 aa  306  3e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  41.76 
 
 
385 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  43.77 
 
 
382 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.87 
 
 
382 aa  299  4e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  42.37 
 
 
387 aa  299  6e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  41.23 
 
 
389 aa  299  6e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  43.21 
 
 
382 aa  298  8e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  41.23 
 
 
389 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  42.01 
 
 
380 aa  297  2e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  44.01 
 
 
384 aa  296  3e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  43.85 
 
 
385 aa  296  5e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  43.45 
 
 
381 aa  296  5e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  40.16 
 
 
381 aa  295  8e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  41.29 
 
 
379 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  43.15 
 
 
385 aa  292  7e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.94 
 
 
395 aa  290  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  42.62 
 
 
388 aa  290  3e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.94 
 
 
389 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  42.15 
 
 
385 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  41.67 
 
 
389 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  40.52 
 
 
383 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  43.68 
 
 
397 aa  280  3e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  41.44 
 
 
381 aa  278  9e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  41.18 
 
 
381 aa  278  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 
383 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 
388 aa  277  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  41.3 
 
 
384 aa  275  9e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  42.78 
 
 
387 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  42.5 
 
 
387 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  39.89 
 
 
378 aa  266  4e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  38.42 
 
 
381 aa  265  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  40.76 
 
 
385 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  41.83 
 
 
397 aa  263  3e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.76 
 
 
385 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.86 
 
 
385 aa  260  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  40.83 
 
 
385 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40 
 
 
391 aa  256  6e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40 
 
 
394 aa  256  6e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40 
 
 
394 aa  256  6e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 
379 aa  184  3e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  31.96 
 
 
392 aa  182  1e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  30.85 
 
 
394 aa  182  1e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  31.49 
 
 
385 aa  176  9e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  32.14 
 
 
381 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.4 
 
 
378 aa  173  5e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  32.78 
 
 
393 aa  167  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  31.81 
 
 
379 aa  166  5e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 
379 aa  166  5e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
380 aa  164  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  31.44 
 
 
399 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
389 aa  161  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 
393 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
379 aa  160  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
382 aa  158  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>