More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1908 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1908  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
403 aa  785    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 
381 aa  162  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  32.81 
 
 
379 aa  152  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  33.7 
 
 
380 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  33.06 
 
 
380 aa  150  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
392 aa  149  1.0000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33 
 
 
380 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  32.29 
 
 
379 aa  144  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
394 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 
396 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
389 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  32.29 
 
 
379 aa  136  5e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 
399 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4797  extracellular ligand-binding receptor  31.45 
 
 
381 aa  133  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.863571  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.43 
 
 
378 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
383 aa  131  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
394 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  29.94 
 
 
393 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
379 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
405 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 
381 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 
385 aa  121  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
379 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
383 aa  114  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
381 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 
393 aa  108  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 
396 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 
382 aa  106  6e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
409 aa  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
377 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
379 aa  99.4  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
376 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 
378 aa  97.1  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  24.63 
 
 
388 aa  95.9  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
379 aa  94.7  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0482  extracellular ligand-binding receptor  26.41 
 
 
412 aa  93.6  6e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
373 aa  92.4  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  23.89 
 
 
392 aa  91.3  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
381 aa  91.3  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 
392 aa  90.9  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
399 aa  91.3  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
370 aa  89.4  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
376 aa  89.7  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
387 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  29.47 
 
 
384 aa  89.4  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
388 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
379 aa  87.4  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  28.81 
 
 
389 aa  87  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.0284097 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
381 aa  86.7  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 
372 aa  86.7  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1214  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
380 aa  86.3  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.49 
 
 
376 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  24.63 
 
 
379 aa  85.5  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 
368 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 
413 aa  85.1  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 
387 aa  83.6  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  24.76 
 
 
384 aa  83.2  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0937  Extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
380 aa  83.2  0.000000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000952162  normal  0.230854 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  26.33 
 
 
383 aa  82.4  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  24.41 
 
 
393 aa  82.8  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 
406 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
373 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  25.94 
 
 
413 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 
389 aa  81.6  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
370 aa  81.3  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1941  Extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
416 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 
407 aa  80.5  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
383 aa  80.5  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  25.43 
 
 
407 aa  80.9  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  27.34 
 
 
415 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.32 
 
 
405 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 
383 aa  80.1  0.00000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
370 aa  80.1  0.00000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1770  Extracellular ligand-binding receptor  24.16 
 
 
410 aa  79.7  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.718343  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1699  Extracellular ligand-binding receptor  23.91 
 
 
410 aa  79.7  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.574188  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  22.79 
 
 
392 aa  79.7  0.00000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 
415 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
399 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
413 aa  79.3  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 
389 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 
404 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 
367 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 
393 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.28 
 
 
395 aa  78.2  0.0000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  26.74 
 
 
381 aa  78.2  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
396 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  24.63 
 
 
405 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  26.99 
 
 
386 aa  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 
389 aa  77.8  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0110  Extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
380 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2647  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
397 aa  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154433  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 
395 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  23.95 
 
 
371 aa  77.4  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2179  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.73 
 
 
410 aa  77.4  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.138394  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.4 
 
 
404 aa  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4759  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
421 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  25.84 
 
 
374 aa  77  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4762  extracellular ligand-binding receptor  25.16 
 
 
424 aa  77.4  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.78314 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>