More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_0482 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_0482  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
412 aa  836    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1322  extracellular ligand-binding receptor  67.19 
 
 
418 aa  543  1e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0679703  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1941  Extracellular ligand-binding receptor  51.62 
 
 
416 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2965  extracellular ligand-binding receptor  53.39 
 
 
413 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.820015  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4089  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  51.26 
 
 
428 aa  438  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120438  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4759  extracellular ligand-binding receptor  52.24 
 
 
421 aa  436  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0064  Extracellular ligand-binding receptor  50.87 
 
 
421 aa  436  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1815  extracellular ligand-binding receptor  51.15 
 
 
419 aa  429  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00146471 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4762  extracellular ligand-binding receptor  51.36 
 
 
424 aa  428  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.78314 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3307  Extracellular ligand-binding receptor  30.27 
 
 
461 aa  165  1.0000000000000001e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1321  Extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 
444 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1254  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
474 aa  133  6.999999999999999e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3808  Extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 
434 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.89 
 
 
376 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
417 aa  107  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
397 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
376 aa  101  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 
377 aa  100  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 
394 aa  97.8  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1908  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
403 aa  94  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
378 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 
387 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
376 aa  89.4  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
384 aa  89  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  26.73 
 
 
410 aa  88.6  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
415 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 
392 aa  87.4  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 
339 aa  87  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 
382 aa  85.1  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
445 aa  85.1  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
397 aa  85.5  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 
398 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  28.79 
 
 
415 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  27.54 
 
 
383 aa  83.6  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
384 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  26.46 
 
 
413 aa  83.2  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 
394 aa  83.2  0.000000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.77 
 
 
396 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0360  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
381 aa  82.4  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6073  Extracellular ligand-binding receptor  31.53 
 
 
426 aa  82.8  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 
401 aa  82.4  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 
439 aa  82.8  0.00000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  23.96 
 
 
459 aa  82.4  0.00000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
417 aa  81.6  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.62 
 
 
376 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3836  extracellular ligand-binding receptor  24.01 
 
 
410 aa  82  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.335848  normal  0.119891 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.91 
 
 
380 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.46 
 
 
381 aa  81.3  0.00000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  24.49 
 
 
382 aa  81.3  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.62 
 
 
380 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.62 
 
 
380 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.62 
 
 
380 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  27.62 
 
 
380 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 
386 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.62 
 
 
380 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.62 
 
 
380 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 
386 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.16 
 
 
389 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  26.99 
 
 
372 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.99 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 
400 aa  79.7  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  26.99 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.99 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
411 aa  79.7  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.99 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.99 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.69 
 
 
386 aa  79.7  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2330  Extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 
386 aa  79.3  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0446  extracellular ligand-binding receptor  22.77 
 
 
392 aa  79  0.0000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6110  extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 
369 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0229  Extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
441 aa  78.2  0.0000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.00108704  normal  0.192891 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 
372 aa  78.6  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  21.9 
 
 
387 aa  78.2  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
380 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
393 aa  78.2  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
395 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
380 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
380 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  23.18 
 
 
453 aa  77.4  0.0000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0514  extracellular ligand-binding receptor  24.07 
 
 
409 aa  77  0.0000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.39 
 
 
378 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
381 aa  76.6  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
392 aa  76.6  0.0000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
386 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
400 aa  76.3  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.78 
 
 
380 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 
390 aa  75.9  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
373 aa  75.9  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 
386 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.63 
 
 
404 aa  75.5  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
397 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.35 
 
 
406 aa  75.5  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 
432 aa  76.3  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
401 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  24.74 
 
 
434 aa  75.5  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.35 
 
 
406 aa  75.1  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 
396 aa  75.1  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
399 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
419 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
394 aa  75.5  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>