More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1941 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1941  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
416 aa  852    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0064  Extracellular ligand-binding receptor  72.64 
 
 
421 aa  634    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4759  extracellular ligand-binding receptor  74.67 
 
 
421 aa  621  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4089  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  72.95 
 
 
428 aa  602  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120438  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4762  extracellular ligand-binding receptor  70.74 
 
 
424 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.78314 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2965  extracellular ligand-binding receptor  69.05 
 
 
413 aa  599  1e-170  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.820015  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1815  extracellular ligand-binding receptor  66.5 
 
 
419 aa  581  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00146471 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0482  extracellular ligand-binding receptor  52.51 
 
 
412 aa  437  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1322  extracellular ligand-binding receptor  52.77 
 
 
418 aa  420  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0679703  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3307  Extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
461 aa  157  3e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1321  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
444 aa  140  4.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1254  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
474 aa  138  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3808  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
434 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.62 
 
 
376 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 
417 aa  124  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
394 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 
398 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 
382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 
381 aa  110  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 
381 aa  106  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
397 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
376 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
382 aa  105  2e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
392 aa  104  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0514  extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
409 aa  103  5e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 
384 aa  103  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  29.48 
 
 
386 aa  103  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
377 aa  103  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
386 aa  102  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 
403 aa  100  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 
379 aa  101  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.61 
 
 
389 aa  101  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
384 aa  100  4e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 
404 aa  100  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 
399 aa  97.8  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
376 aa  97.4  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
402 aa  97.4  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 
384 aa  97.4  5e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
387 aa  97.1  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
376 aa  97.1  6e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 
384 aa  96.3  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
376 aa  95.5  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 
378 aa  96.3  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.13 
 
 
406 aa  94.7  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
394 aa  95.1  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2330  Extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
386 aa  95.5  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
401 aa  95.1  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  25.2 
 
 
391 aa  94.7  2e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
402 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
409 aa  94.7  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.13 
 
 
406 aa  94.7  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  27.81 
 
 
383 aa  94.4  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
405 aa  94.4  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.84 
 
 
402 aa  94.4  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  28.84 
 
 
381 aa  93.6  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  28.22 
 
 
415 aa  94  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
384 aa  93.6  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1675  Extracellular ligand-binding receptor  23.28 
 
 
387 aa  93.2  8e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0898959 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
381 aa  92.8  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  28.84 
 
 
381 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 
399 aa  92.8  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.57 
 
 
380 aa  92.8  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
406 aa  92.8  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  26.1 
 
 
389 aa  92.4  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.0284097 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.59 
 
 
396 aa  91.7  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 
384 aa  92  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  28.22 
 
 
384 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28 
 
 
376 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0360  extracellular ligand-binding receptor  28.81 
 
 
381 aa  91.3  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
386 aa  91.3  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
403 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28 
 
 
380 aa  90.5  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28 
 
 
380 aa  90.5  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28 
 
 
380 aa  90.5  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28 
 
 
380 aa  90.5  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
386 aa  90.5  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 
439 aa  90.5  5e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
374 aa  90.5  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 
393 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
397 aa  90.1  7e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
411 aa  90.1  7e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
378 aa  89.7  8e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  28 
 
 
380 aa  89.7  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
380 aa  89.7  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
376 aa  89.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28 
 
 
380 aa  89.7  9e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28 
 
 
380 aa  89.7  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
384 aa  89.4  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
405 aa  89.4  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 
401 aa  89  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6648  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
382 aa  89.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0122953  normal  0.152 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
380 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
391 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
384 aa  89.4  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
391 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
390 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2589  extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 
390 aa  88.6  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.282343  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
380 aa  88.6  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
390 aa  88.6  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
395 aa  88.6  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>