More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1549 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
392 aa  794    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  77.61 
 
 
394 aa  624  1e-178  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  66.58 
 
 
405 aa  525  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  68.03 
 
 
405 aa  526  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  67.66 
 
 
400 aa  508  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  65.57 
 
 
412 aa  501  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  62.05 
 
 
399 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  65.76 
 
 
406 aa  483  1e-135  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  62.16 
 
 
404 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  61.62 
 
 
402 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  60.32 
 
 
403 aa  443  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  51.36 
 
 
415 aa  375  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1699  Extracellular ligand-binding receptor  52.49 
 
 
410 aa  366  1e-100  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.574188  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1770  Extracellular ligand-binding receptor  52.23 
 
 
410 aa  363  2e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.718343  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2179  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  52.49 
 
 
410 aa  361  2e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.138394  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2712  extracellular ligand-binding receptor  50.13 
 
 
405 aa  360  3e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.620726  hitchhiker  0.00485368 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1682  extracellular ligand-binding receptor  45.89 
 
 
410 aa  311  1e-83  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000183641  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0480  Extracellular ligand-binding receptor  45.01 
 
 
407 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0150  extracellular ligand-binding receptor  42.9 
 
 
417 aa  283  4.0000000000000003e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0096  extracellular ligand-binding receptor  41.13 
 
 
416 aa  283  5.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.809601 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 
412 aa  278  1e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3230  extracellular ligand-binding receptor  40.64 
 
 
400 aa  273  3e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293864  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0089  Extracellular ligand-binding receptor  39.73 
 
 
396 aa  268  8e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0070  extracellular ligand-binding receptor  39.46 
 
 
396 aa  265  1e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0291  extracellular ligand-binding receptor  37 
 
 
401 aa  220  3.9999999999999997e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  34.75 
 
 
394 aa  193  5e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  32.11 
 
 
396 aa  187  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  32.11 
 
 
396 aa  187  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  32.35 
 
 
396 aa  182  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  32.2 
 
 
393 aa  177  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 
395 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
381 aa  152  8e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4060  extracellular ligand-binding receptor  31.15 
 
 
400 aa  151  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 
390 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.46 
 
 
379 aa  142  9e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
397 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.07 
 
 
380 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  31.18 
 
 
379 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  31.18 
 
 
379 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  31.18 
 
 
379 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.18 
 
 
375 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.18 
 
 
379 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  31.18 
 
 
379 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 
383 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  29.56 
 
 
399 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  31.18 
 
 
379 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 
419 aa  137  3.0000000000000003e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 
380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  32.1 
 
 
382 aa  137  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
380 aa  135  9e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 
384 aa  135  9e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  32.72 
 
 
382 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.82 
 
 
382 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  32.81 
 
 
384 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 
374 aa  135  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  32.81 
 
 
384 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  29.67 
 
 
379 aa  134  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 
397 aa  134  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
379 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  30.9 
 
 
379 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  30.9 
 
 
379 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  30.9 
 
 
379 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
399 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
379 aa  133  5e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  32.58 
 
 
384 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.9 
 
 
384 aa  133  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 
380 aa  133  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  28.84 
 
 
379 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  31.3 
 
 
381 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  32 
 
 
384 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 
380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 
380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 
389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.72 
 
 
402 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  27.04 
 
 
392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 
380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 
391 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 
391 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  31.52 
 
 
380 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.62 
 
 
379 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  30.37 
 
 
381 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.52 
 
 
380 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  32.26 
 
 
384 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.52 
 
 
380 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  32.26 
 
 
384 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  30.66 
 
 
393 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.38 
 
 
378 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 
379 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 
394 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.38 
 
 
380 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  31.38 
 
 
372 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.38 
 
 
380 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.21 
 
 
380 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.38 
 
 
380 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.91 
 
 
380 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  31.38 
 
 
380 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.38 
 
 
380 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 
379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>