More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0096 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_0150  extracellular ligand-binding receptor  86.33 
 
 
417 aa  680    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0096  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
416 aa  846    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.809601 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3230  extracellular ligand-binding receptor  69.74 
 
 
400 aa  565  1e-160  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293864  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0089  Extracellular ligand-binding receptor  69.15 
 
 
396 aa  537  1e-151  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0070  extracellular ligand-binding receptor  68.88 
 
 
396 aa  534  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  65.05 
 
 
412 aa  514  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  44.5 
 
 
399 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  44.89 
 
 
400 aa  319  7e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2712  extracellular ligand-binding receptor  44.91 
 
 
405 aa  316  5e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.620726  hitchhiker  0.00485368 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  42.4 
 
 
404 aa  315  8e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  43.67 
 
 
412 aa  313  2.9999999999999996e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  44.29 
 
 
406 aa  313  2.9999999999999996e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  43.65 
 
 
402 aa  311  1e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  42.93 
 
 
405 aa  309  5e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.48 
 
 
405 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  41.93 
 
 
403 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  43.62 
 
 
394 aa  294  2e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  41.13 
 
 
392 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  42.25 
 
 
415 aa  281  1e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2179  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  38.22 
 
 
410 aa  230  4e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.138394  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1699  Extracellular ligand-binding receptor  37.96 
 
 
410 aa  229  8e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.574188  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1770  Extracellular ligand-binding receptor  37.96 
 
 
410 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.718343  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1682  extracellular ligand-binding receptor  37.08 
 
 
410 aa  222  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000183641  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0480  Extracellular ligand-binding receptor  37.11 
 
 
407 aa  219  7.999999999999999e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0291  extracellular ligand-binding receptor  33.91 
 
 
401 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  29.12 
 
 
394 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
395 aa  126  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  31.11 
 
 
397 aa  123  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
396 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
390 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 
374 aa  120  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 
393 aa  121  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.67 
 
 
396 aa  120  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  28.22 
 
 
396 aa  120  6e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
396 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4060  extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 
400 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
395 aa  117  5e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
380 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  23.97 
 
 
394 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.89 
 
 
399 aa  113  8.000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.89 
 
 
380 aa  112  9e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
380 aa  112  9e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  29.82 
 
 
372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 
373 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.41 
 
 
376 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
396 aa  109  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
385 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 
394 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
379 aa  107  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 
389 aa  107  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4646  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 
384 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03165  Extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 
364 aa  105  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 
389 aa  104  4e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 
379 aa  103  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
397 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 
402 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  28.71 
 
 
393 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  31.41 
 
 
372 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
373 aa  100  5e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  27.52 
 
 
375 aa  100  6e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
397 aa  100  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  28.89 
 
 
392 aa  100  7e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
379 aa  99.8  8e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  30.66 
 
 
375 aa  99.8  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.8 
 
 
374 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  29.56 
 
 
374 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
384 aa  98.6  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
396 aa  98.6  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  31.01 
 
 
391 aa  97.8  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 
383 aa  97.4  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  35.56 
 
 
378 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  35.56 
 
 
378 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  35.56 
 
 
378 aa  97.1  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  35.56 
 
 
378 aa  97.1  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
372 aa  96.7  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.35 
 
 
425 aa  96.7  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 
390 aa  96.3  8e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.96 
 
 
399 aa  96.3  9e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0065  Extracellular ligand-binding receptor  27.21 
 
 
392 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4808  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
382 aa  95.9  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
393 aa  95.9  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
372 aa  96.3  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
375 aa  95.5  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
372 aa  96.3  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
372 aa  95.5  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
372 aa  96.3  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  29.21 
 
 
383 aa  95.5  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 
376 aa  96.3  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 
379 aa  95.5  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
381 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 
376 aa  95.1  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.22 
 
 
391 aa  95.1  2e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 
381 aa  94.7  3e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
385 aa  94.4  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  26.16 
 
 
393 aa  94  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
372 aa  94.4  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
419 aa  94  4e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  28.43 
 
 
368 aa  94  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  22.59 
 
 
392 aa  93.2  7e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>