More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0355 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
394 aa  797    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  77.61 
 
 
392 aa  624  1e-178  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  73.51 
 
 
405 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  72.99 
 
 
405 aa  560  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  72.05 
 
 
400 aa  554  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  71.12 
 
 
412 aa  538  9.999999999999999e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  71 
 
 
406 aa  512  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  66.32 
 
 
399 aa  509  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  66.41 
 
 
404 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  67.02 
 
 
402 aa  485  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  64.36 
 
 
403 aa  476  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  54.09 
 
 
415 aa  404  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2712  extracellular ligand-binding receptor  51.3 
 
 
405 aa  365  1e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.620726  hitchhiker  0.00485368 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2179  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  51.83 
 
 
410 aa  352  5e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.138394  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1699  Extracellular ligand-binding receptor  51.05 
 
 
410 aa  350  3e-95  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.574188  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1770  Extracellular ligand-binding receptor  51.31 
 
 
410 aa  348  8e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.718343  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0480  Extracellular ligand-binding receptor  45.19 
 
 
407 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1682  extracellular ligand-binding receptor  45.89 
 
 
410 aa  311  1e-83  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000183641  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0150  extracellular ligand-binding receptor  45.65 
 
 
417 aa  299  6e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0096  extracellular ligand-binding receptor  43.62 
 
 
416 aa  294  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.809601 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0089  Extracellular ligand-binding receptor  43.11 
 
 
396 aa  291  9e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0070  extracellular ligand-binding receptor  42.86 
 
 
396 aa  288  1e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3230  extracellular ligand-binding receptor  42.12 
 
 
400 aa  276  3e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293864  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  39.52 
 
 
412 aa  272  9e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0291  extracellular ligand-binding receptor  40.17 
 
 
401 aa  231  2e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  35.93 
 
 
394 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  32.64 
 
 
396 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  32.38 
 
 
396 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 
396 aa  179  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  31.91 
 
 
395 aa  177  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 
393 aa  171  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 
390 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  31.58 
 
 
381 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4060  extracellular ligand-binding receptor  32.75 
 
 
400 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 
384 aa  145  1e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  32.93 
 
 
379 aa  143  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  34.35 
 
 
396 aa  143  6e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  31.93 
 
 
379 aa  142  7e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  32.95 
 
 
399 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
379 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
383 aa  139  6e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 
394 aa  139  7e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 
379 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
392 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  30.97 
 
 
379 aa  137  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.89 
 
 
380 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  32.54 
 
 
374 aa  136  8e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  31.31 
 
 
379 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
380 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
397 aa  134  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  32.76 
 
 
381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  30.97 
 
 
380 aa  130  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 
389 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 
400 aa  131  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  33.02 
 
 
380 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.76 
 
 
402 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.23 
 
 
384 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  32.05 
 
 
397 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  33.02 
 
 
380 aa  130  6e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  31.34 
 
 
378 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  31.34 
 
 
378 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  30.82 
 
 
393 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  31.34 
 
 
378 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 
393 aa  129  9.000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.84 
 
 
379 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  31.04 
 
 
378 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  30.62 
 
 
384 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 
373 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  32.81 
 
 
380 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  31.64 
 
 
379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  28.64 
 
 
383 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  32.41 
 
 
380 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  31.9 
 
 
381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  31.64 
 
 
379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
396 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  31.64 
 
 
379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 
384 aa  128  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  32.81 
 
 
391 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  32.81 
 
 
391 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 
397 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  32.63 
 
 
383 aa  127  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  32.05 
 
 
395 aa  127  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  31.64 
 
 
379 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  28.84 
 
 
385 aa  127  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  31.64 
 
 
379 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.64 
 
 
379 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.64 
 
 
375 aa  127  5e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.25 
 
 
378 aa  126  6e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.41 
 
 
376 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 
384 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.41 
 
 
380 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.41 
 
 
380 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.41 
 
 
380 aa  126  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 
384 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  28.43 
 
 
396 aa  126  7e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  30.62 
 
 
384 aa  126  7e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 
383 aa  126  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  30.62 
 
 
384 aa  126  7e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.41 
 
 
380 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
394 aa  126  8.000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>