More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1838 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 399 aa  813    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  73.93 
 
 		 400 aa  603  1.0000000000000001e-171  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  73.51 
 
 		 405 aa  584  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  74.03 
 
 		 405 aa  587  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  73.78 
 
 		 412 aa  580  1e-164  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  69.09 
 
 		 406 aa  543  1e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  67.44 
 
 		 404 aa  536  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  67.36 
 
 		 403 aa  523  1e-147  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  67.37 
 
 		 402 aa  522  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  66.32 
 
 		 394 aa  509  1e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  62.05 
 
 		 392 aa  492  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  53.12 
 
 		 415 aa  425  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2712  extracellular ligand-binding receptor  51.66 
 
 		 405 aa  394  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.620726  hitchhiker  0.00485368 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1770  Extracellular ligand-binding receptor  53.4 
 
 		 410 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.718343  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2179  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  53.66 
 
 		 410 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.138394  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1699  Extracellular ligand-binding receptor  53.14 
 
 		 410 aa  388  1e-106  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.574188  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0480  Extracellular ligand-binding receptor  46.88 
 
 		 407 aa  343  4e-93  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1682  extracellular ligand-binding receptor  46.25 
 
 		 410 aa  338  9.999999999999999e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000183641  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0096  extracellular ligand-binding receptor  44.5 
 
 		 416 aa  328  1.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.809601 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0150  extracellular ligand-binding receptor  44.8 
 
 		 417 aa  323  5e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3230  extracellular ligand-binding receptor  44.24 
 
 		 400 aa  322  9.000000000000001e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293864  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0089  Extracellular ligand-binding receptor  44.68 
 
 		 396 aa  313  3.9999999999999997e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0070  extracellular ligand-binding receptor  44.15 
 
 		 396 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  42.78 
 
 		 412 aa  306  4.0000000000000004e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0291  extracellular ligand-binding receptor  39.67 
 
 		 401 aa  228  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  36.39 
 
 		 394 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  36.62 
 
 		 393 aa  209  6e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  34.38 
 
 		 396 aa  206  8e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  34.38 
 
 		 396 aa  206  8e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  34.03 
 
 		 396 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 		 395 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  32.35 
 
 		 390 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4060  extracellular ligand-binding receptor  34.81 
 
 		 400 aa  173  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  32.27 
 
 		 379 aa  155  8e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 		 397 aa  155  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  30.56 
 
 		 381 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  32.18 
 
 		 379 aa  152  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 		 397 aa  151  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.88 
 
 		 380 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 		 380 aa  150  5e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  31.11 
 
 		 393 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 379 aa  144  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  31.12 
 
 		 399 aa  142  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.61 
 
 		 378 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 		 379 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  31.27 
 
 		 374 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 		 382 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  32.59 
 
 		 380 aa  141  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 		 383 aa  139  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 		 379 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  32.41 
 
 		 376 aa  137  5e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 		 381 aa  136  8e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 		 396 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.99 
 
 		 396 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 		 383 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  31.98 
 
 		 396 aa  133  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  30.12 
 
 		 379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  31.18 
 
 		 419 aa  132  1.0000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  30.18 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 		 384 aa  130  4.0000000000000003e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  31.87 
 
 		 383 aa  130  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03165  Extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 		 364 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.92 
 
 		 376 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 		 395 aa  129  6e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 		 405 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 		 394 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.66 
 
 		 379 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2553  extracellular ligand-binding receptor  31.12 
 
 		 386 aa  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 		 397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 		 372 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  30.16 
 
 		 381 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 		 394 aa  126  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  32.04 
 
 		 375 aa  127  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  32.72 
 
 		 373 aa  126  6e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.16 
 
 		 402 aa  126  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 		 381 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  31.81 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  31.81 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  31.81 
 
 		 379 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  31.12 
 
 		 384 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  31.12 
 
 		 384 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 		 384 aa  124  2e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.79 
 
 		 375 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.79 
 
 		 379 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  31.79 
 
 		 379 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 		 398 aa  125  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 		 389 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  31.79 
 
 		 379 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 		 385 aa  124  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4492  extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 		 388 aa  124  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 392 aa  123  5e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 		 396 aa  123  6e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.82 
 
 		 384 aa  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  29.43 
 
 		 373 aa  123  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 		 376 aa  123  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 		 386 aa  123  7e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3428  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 		 388 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  30.51 
 
 		 384 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  30.12 
 
 		 399 aa  122  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 389 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>