More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03165 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03165  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 364 aa  738    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2647  extracellular ligand-binding receptor  36.44 
 
 		 397 aa  251  1e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  34.44 
 
 		 396 aa  210  4e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  34.44 
 
 		 396 aa  208  1e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  34.16 
 
 		 396 aa  206  4e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  32.67 
 
 		 390 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  33.81 
 
 		 394 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  32.02 
 
 		 395 aa  197  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  34.35 
 
 		 393 aa  196  7e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4060  extracellular ligand-binding receptor  33.51 
 
 		 400 aa  191  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  32.08 
 
 		 397 aa  184  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  32.08 
 
 		 397 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3260  hypothetical protein  33.86 
 
 		 424 aa  166  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128123  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0192  hypothetical protein  31.69 
 
 		 411 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.681892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 		 412 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 		 399 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  29.91 
 
 		 400 aa  126  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3230  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 		 400 aa  126  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293864  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 		 404 aa  125  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 		 405 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.28 
 
 		 405 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 		 402 aa  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  29.91 
 
 		 412 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 		 403 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1770  Extracellular ligand-binding receptor  29.03 
 
 		 410 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.718343  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1699  Extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 		 410 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.574188  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0291  extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 		 401 aa  112  9e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 406 aa  112  9e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2179  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.49 
 
 		 410 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.138394  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0150  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 		 417 aa  110  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 		 392 aa  110  5e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 		 415 aa  105  9e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 394 aa  105  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0096  extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 		 416 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.809601 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0089  Extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 396 aa  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0070  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 		 396 aa  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1682  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 		 410 aa  101  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000183641  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2712  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 		 405 aa  100  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.620726  hitchhiker  0.00485368 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 		 396 aa  97.4  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.08 
 
 		 396 aa  93.6  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 		 397 aa  92  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0937  Extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 		 380 aa  92.4  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000952162  normal  0.230854 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0480  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 407 aa  90.9  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 		 372 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  25.43 
 
 		 383 aa  90.5  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 395 aa  90.5  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 		 385 aa  89.4  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 379 aa  88.2  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 		 379 aa  87.4  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  34.34 
 
 		 368 aa  87.8  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  34.34 
 
 		 368 aa  86.7  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 372 aa  86.3  7e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 		 394 aa  86.3  7e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 		 379 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 		 375 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  34.02 
 
 		 368 aa  84.3  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 		 382 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 		 383 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  23.49 
 
 		 396 aa  84.3  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.79 
 
 		 395 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 		 379 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 		 381 aa  83.2  0.000000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 		 379 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.92 
 
 		 380 aa  82  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  26.11 
 
 		 413 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  23.22 
 
 		 396 aa  82  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 		 390 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  23.89 
 
 		 397 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  23.89 
 
 		 397 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  27.24 
 
 		 380 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 		 393 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 		 397 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.2 
 
 		 397 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 		 371 aa  80.1  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  23.2 
 
 		 394 aa  79.7  0.00000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 		 373 aa  78.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 		 380 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 		 388 aa  78.6  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  22.06 
 
 		 393 aa  78.2  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 		 373 aa  78.6  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.97 
 
 		 378 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 		 434 aa  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  24.38 
 
 		 372 aa  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  30.36 
 
 		 407 aa  77.8  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 391 aa  77.4  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  23.39 
 
 		 386 aa  77  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 		 370 aa  77.4  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  26.59 
 
 		 374 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 		 384 aa  77  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 		 419 aa  76.6  0.0000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  21.45 
 
 		 392 aa  77  0.0000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  23.76 
 
 		 374 aa  77  0.0000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 421 aa  76.6  0.0000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 		 405 aa  76.3  0.0000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  24.03 
 
 		 388 aa  75.5  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  23.38 
 
 		 401 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 		 382 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 		 379 aa  75.5  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.22 
 
 		 371 aa  75.1  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>