More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1651 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
392 aa  774    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  44.02 
 
 
393 aa  329  6e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  46.29 
 
 
377 aa  280  4e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  45.36 
 
 
378 aa  276  3e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  41.18 
 
 
386 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  40.34 
 
 
386 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  40.34 
 
 
386 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  38.86 
 
 
376 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2496  branched-chain amino-acid ABC transport system periplasmic binding protein  38.85 
 
 
399 aa  190  2.9999999999999997e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.106087  hitchhiker  0.00162568 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1211  Extracellular ligand-binding receptor  36.49 
 
 
390 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.391251  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.55 
 
 
399 aa  169  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0465  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 
416 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0898027  normal  0.196528 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0717  Extracellular ligand-binding receptor  34.35 
 
 
413 aa  162  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.726528  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.06 
 
 
396 aa  160  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0718  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
412 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  31.49 
 
 
374 aa  157  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
397 aa  155  9e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 
395 aa  155  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0735  extracellular ligand-binding receptor  33.61 
 
 
385 aa  155  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
399 aa  151  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
382 aa  150  4e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
397 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
397 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.27 
 
 
388 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 
376 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
397 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
394 aa  147  5e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.38 
 
 
397 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.39 
 
 
399 aa  144  3e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
384 aa  143  5e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.14 
 
 
395 aa  143  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  27.99 
 
 
419 aa  142  7e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 
397 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  28.8 
 
 
392 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.57 
 
 
404 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
390 aa  139  6e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 
402 aa  139  7e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 
404 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
404 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
398 aa  137  5e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.55 
 
 
376 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0714  Extracellular ligand-binding receptor  31.19 
 
 
395 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  26.78 
 
 
391 aa  132  1.0000000000000001e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.34 
 
 
391 aa  130  3e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
393 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
388 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
390 aa  129  7.000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
386 aa  129  9.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  27.5 
 
 
396 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
381 aa  126  5e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 
376 aa  126  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 
389 aa  125  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
383 aa  122  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 
393 aa  120  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  23.5 
 
 
375 aa  120  3e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 
389 aa  120  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
373 aa  119  9e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.45 
 
 
395 aa  119  9.999999999999999e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
381 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1290  branched chain amino acid ABC transporter permease  29.01 
 
 
392 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.169952  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
373 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
373 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
386 aa  116  5e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2263  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
369 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0102579  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  26.14 
 
 
376 aa  115  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
407 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  27.44 
 
 
379 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  27.44 
 
 
379 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  27.44 
 
 
379 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0399  branched-chain amino-acid ABC transport system periplasmic binding protein  26.88 
 
 
372 aa  113  6e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
405 aa  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.44 
 
 
375 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.24 
 
 
373 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.44 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1842  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.843132  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  27.44 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  27.44 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 
373 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
373 aa  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 
373 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
379 aa  110  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 
373 aa  110  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
379 aa  110  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 
379 aa  110  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
379 aa  110  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 
379 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  26.48 
 
 
392 aa  109  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
392 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.99 
 
 
379 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.35 
 
 
385 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0937  Extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
380 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000952162  normal  0.230854 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0110  Extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 
380 aa  108  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
387 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  23.44 
 
 
394 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 
383 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
381 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  24.12 
 
 
394 aa  107  4e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 
382 aa  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 
379 aa  107  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>