More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0363 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
413 aa  835    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  33.78 
 
 
400 aa  230  4e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  36.63 
 
 
434 aa  217  2.9999999999999998e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 
400 aa  208  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  30.93 
 
 
407 aa  202  7e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  32.41 
 
 
418 aa  196  7e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  31 
 
 
406 aa  195  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  30.18 
 
 
406 aa  172  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  29.72 
 
 
416 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  29.46 
 
 
414 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
415 aa  166  9e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 
414 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
421 aa  163  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  28.72 
 
 
416 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 
402 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 
394 aa  153  4e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
403 aa  152  8.999999999999999e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  30.16 
 
 
397 aa  151  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
402 aa  151  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 
383 aa  150  5e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.39 
 
 
383 aa  149  8e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  30.13 
 
 
383 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 
434 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 
416 aa  143  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
416 aa  143  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
408 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
417 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
407 aa  140  3.9999999999999997e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.95 
 
 
401 aa  137  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 
436 aa  137  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.42 
 
 
385 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
418 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
393 aa  130  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.21 
 
 
387 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
417 aa  124  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
411 aa  124  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  28.54 
 
 
380 aa  123  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.66 
 
 
381 aa  123  7e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 
382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 
381 aa  121  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
401 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.29 
 
 
406 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.29 
 
 
406 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.54 
 
 
402 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
401 aa  117  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
375 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 
381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 
401 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.66 
 
 
403 aa  114  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.49 
 
 
380 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.49 
 
 
380 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.49 
 
 
380 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
373 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.19 
 
 
380 aa  113  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
373 aa  113  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.49 
 
 
380 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.49 
 
 
376 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  27.49 
 
 
380 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
406 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
373 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.49 
 
 
380 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
373 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.98 
 
 
373 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.09 
 
 
373 aa  112  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 
400 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
401 aa  110  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 
373 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.13 
 
 
376 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 
391 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 
373 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 
391 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 
380 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 
380 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 
376 aa  110  6e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
401 aa  110  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 
399 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 
399 aa  109  9.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.19 
 
 
380 aa  109  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
384 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 
380 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.32 
 
 
378 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  29.82 
 
 
374 aa  108  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
384 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
380 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  26.67 
 
 
372 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  29.97 
 
 
393 aa  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
386 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.38 
 
 
380 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.28 
 
 
388 aa  107  5e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  26.38 
 
 
380 aa  107  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.38 
 
 
380 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.38 
 
 
380 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.38 
 
 
380 aa  107  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
386 aa  107  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
382 aa  106  6e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2305  extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 
380 aa  106  6e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>