More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0004 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
417 aa  850    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  68.3 
 
 
434 aa  581  1.0000000000000001e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  66.24 
 
 
421 aa  554  1e-156  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  36.12 
 
 
415 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  33.49 
 
 
416 aa  216  8e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  34.05 
 
 
416 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  33.42 
 
 
414 aa  208  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  32.82 
 
 
414 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  35.8 
 
 
406 aa  192  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  31.76 
 
 
416 aa  190  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 
416 aa  189  7e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  34.37 
 
 
402 aa  189  9e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 
418 aa  183  6e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  31.27 
 
 
394 aa  176  8e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 
418 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  31.73 
 
 
407 aa  172  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.88 
 
 
401 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
397 aa  158  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 
400 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.74 
 
 
385 aa  152  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  28.39 
 
 
406 aa  151  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 
400 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 
408 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  29.56 
 
 
383 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.31 
 
 
383 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.09 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.09 
 
 
406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
383 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 
436 aa  139  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.25 
 
 
387 aa  137  4e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
413 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
453 aa  133  5e-30  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 
401 aa  133  6e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  32.34 
 
 
339 aa  133  6e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.53 
 
 
403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  28.39 
 
 
402 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
459 aa  127  5e-28  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  25.12 
 
 
403 aa  123  7e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
470 aa  119  9.999999999999999e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2827  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
458 aa  114  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.11004  normal  0.674457 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
390 aa  114  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 
401 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.58 
 
 
381 aa  110  3e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.85 
 
 
399 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0446  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
392 aa  110  6e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 
407 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
417 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
411 aa  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.27 
 
 
404 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 
404 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
404 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2279  extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
448 aa  105  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 
406 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 
390 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 
386 aa  104  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 
384 aa  104  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
381 aa  103  6e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
384 aa  103  7e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
376 aa  103  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 
382 aa  103  8e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.61 
 
 
376 aa  103  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.13 
 
 
397 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  23.47 
 
 
413 aa  102  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
392 aa  101  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
397 aa  100  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
398 aa  100  6e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0326  extracellular ligand-binding receptor  22.49 
 
 
441 aa  99.8  9e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.933316  normal  0.182521 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
383 aa  99  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
374 aa  98.2  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
397 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
397 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  30.16 
 
 
378 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
376 aa  97.1  6e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  30.89 
 
 
373 aa  96.7  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
445 aa  96.3  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
394 aa  96.3  9e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 
378 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
382 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 
378 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 
397 aa  96.3  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 
378 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
461 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
402 aa  95.9  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
461 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.78 
 
 
386 aa  95.1  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
382 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  30.74 
 
 
372 aa  95.1  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.41 
 
 
395 aa  95.5  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
386 aa  94.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
386 aa  94.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.9 
 
 
515 aa  94.7  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 
382 aa  94.4  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
372 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  26.95 
 
 
368 aa  94.4  4e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  25.06 
 
 
379 aa  94.4  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 
375 aa  94  5e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
381 aa  93.6  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 
389 aa  93.6  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
382 aa  93.6  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  29.08 
 
 
374 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>