More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3906 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  94.56 
 
 
386 aa  679    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
386 aa  768    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
386 aa  768    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  49.59 
 
 
377 aa  322  6e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  47.06 
 
 
378 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  51.37 
 
 
376 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  40.34 
 
 
392 aa  268  1e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  35.77 
 
 
393 aa  212  7.999999999999999e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0718  Extracellular ligand-binding receptor  36.13 
 
 
412 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0465  extracellular ligand-binding receptor  36.39 
 
 
416 aa  193  4e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0898027  normal  0.196528 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0717  Extracellular ligand-binding receptor  34.02 
 
 
413 aa  192  7e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.726528  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1211  Extracellular ligand-binding receptor  38.1 
 
 
390 aa  190  4e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.391251  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0735  extracellular ligand-binding receptor  38.66 
 
 
385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  35.57 
 
 
376 aa  182  8.000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.59 
 
 
396 aa  181  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  32.78 
 
 
397 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.54 
 
 
397 aa  179  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  31.87 
 
 
395 aa  176  6e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  32.92 
 
 
397 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  32.92 
 
 
397 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  33.23 
 
 
397 aa  176  8e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  32.92 
 
 
397 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.72 
 
 
399 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.62 
 
 
399 aa  171  2e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.54 
 
 
395 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 
396 aa  163  6e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  32.2 
 
 
419 aa  162  8.000000000000001e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  34.26 
 
 
399 aa  162  9e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  31.35 
 
 
374 aa  162  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  35.4 
 
 
398 aa  160  5e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.34 
 
 
376 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  32.6 
 
 
402 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  33.54 
 
 
375 aa  157  2e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.11 
 
 
404 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  31.59 
 
 
382 aa  157  3e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  32.29 
 
 
389 aa  157  4e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0714  Extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 
395 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 
393 aa  156  7e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  32.11 
 
 
404 aa  155  8e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2496  branched-chain amino-acid ABC transport system periplasmic binding protein  32.4 
 
 
399 aa  155  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.106087  hitchhiker  0.00162568 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  35.61 
 
 
391 aa  155  1e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  31.83 
 
 
404 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 
390 aa  154  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  32.41 
 
 
376 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  34.24 
 
 
395 aa  154  2e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  35.05 
 
 
390 aa  152  8e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0533  Extracellular ligand-binding receptor  30.98 
 
 
393 aa  152  1e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000200352 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  34.37 
 
 
381 aa  150  4e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  31.64 
 
 
405 aa  149  6e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 
394 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  31.01 
 
 
392 aa  145  2e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
384 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  32.02 
 
 
394 aa  139  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
383 aa  139  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  30.82 
 
 
388 aa  136  8e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  31.98 
 
 
389 aa  136  8e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  29.26 
 
 
387 aa  135  9e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  31.59 
 
 
389 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  32.71 
 
 
407 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  34.07 
 
 
381 aa  133  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  31.46 
 
 
405 aa  132  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.8 
 
 
402 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
387 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  32.71 
 
 
393 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.84 
 
 
405 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  29.84 
 
 
392 aa  129  7.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 
380 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
394 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.69 
 
 
380 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  31.81 
 
 
386 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  34.23 
 
 
391 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 
388 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  34.23 
 
 
391 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0610  Extracellular ligand-binding receptor  31.14 
 
 
378 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  34.23 
 
 
380 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  30.82 
 
 
373 aa  126  6e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 
381 aa  126  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  30.23 
 
 
386 aa  126  8.000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
383 aa  125  9e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.13 
 
 
384 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  32.83 
 
 
384 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
400 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  32.83 
 
 
384 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  31.33 
 
 
382 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
379 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
379 aa  125  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  32.23 
 
 
384 aa  124  2e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  32.83 
 
 
380 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4646  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
384 aa  125  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  31.87 
 
 
373 aa  124  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  30.06 
 
 
391 aa  124  3e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  31.29 
 
 
386 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.03 
 
 
380 aa  123  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  33.13 
 
 
380 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  32.83 
 
 
380 aa  124  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  33.13 
 
 
384 aa  124  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
394 aa  123  5e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.83 
 
 
376 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.13 
 
 
380 aa  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.83 
 
 
380 aa  123  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>