More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5995 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  100 
 
 
407 aa  827    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  65.99 
 
 
406 aa  551  1e-155  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  50.63 
 
 
400 aa  432  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  49.12 
 
 
400 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  30.93 
 
 
413 aa  192  9e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  31.81 
 
 
421 aa  181  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  32.22 
 
 
434 aa  176  7e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  33.17 
 
 
406 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  31.73 
 
 
417 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 
402 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  28.43 
 
 
416 aa  152  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  29.55 
 
 
414 aa  152  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  28.67 
 
 
416 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  31.43 
 
 
408 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  28.64 
 
 
415 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32 
 
 
387 aa  146  7.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
418 aa  144  3e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  31.16 
 
 
411 aa  143  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
414 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
416 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.87 
 
 
401 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
416 aa  133  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
434 aa  130  6e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.22 
 
 
403 aa  126  8.000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.72 
 
 
385 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
407 aa  119  7.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 
418 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 
394 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 
453 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
459 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 
402 aa  111  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
383 aa  109  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
401 aa  109  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2827  extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 
458 aa  108  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.11004  normal  0.674457 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
403 aa  108  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  30.41 
 
 
339 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.75 
 
 
383 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
397 aa  107  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2171  extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 
370 aa  106  7e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 
383 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.24 
 
 
371 aa  104  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.24 
 
 
371 aa  104  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2279  extracellular ligand-binding receptor  28.94 
 
 
448 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
414 aa  103  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 
470 aa  103  7e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.22 
 
 
376 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 
375 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.88 
 
 
373 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
373 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  24.83 
 
 
436 aa  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2615  extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
373 aa  101  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
376 aa  100  4e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2213  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
371 aa  100  7e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.650544 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.48 
 
 
381 aa  99.8  7e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2330  Extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
386 aa  99.8  7e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 
406 aa  99.8  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3294  ABC transporter substrate binding protein (branched chain amino acid)  28.74 
 
 
368 aa  99  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0602747  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
372 aa  99  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5327  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  27.42 
 
 
372 aa  97.1  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.25236 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 
381 aa  97.1  5e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3685  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 
371 aa  97.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28436  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 
373 aa  97.1  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.61 
 
 
371 aa  97.1  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 
373 aa  97.1  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
373 aa  96.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
409 aa  96.3  9e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
371 aa  96.3  9e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 
373 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  29.91 
 
 
389 aa  95.9  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.0284097 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 
373 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  30.29 
 
 
413 aa  95.9  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
368 aa  96.3  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4334  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
368 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  27.78 
 
 
373 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 
368 aa  94.4  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  29.62 
 
 
367 aa  94.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1618  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
371 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.64009  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1775  extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 
370 aa  93.6  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.915027  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
382 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
372 aa  93.2  8e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
373 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0446  extracellular ligand-binding receptor  26.41 
 
 
392 aa  92  2e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1136  twin-arginine translocation pathway signal  23.72 
 
 
414 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.206863 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0064  Extracellular ligand-binding receptor  27.29 
 
 
421 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
367 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  26.49 
 
 
368 aa  90.5  4e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 
368 aa  90.9  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
373 aa  90.9  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  31.78 
 
 
413 aa  90.5  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  28.71 
 
 
376 aa  90.5  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
388 aa  90.5  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3328  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 
366 aa  90.5  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  27.19 
 
 
373 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
382 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4808  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
382 aa  90.1  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.24 
 
 
384 aa  89.7  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
371 aa  90.1  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
380 aa  89.7  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
384 aa  89.4  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
380 aa  89.7  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>