More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0792 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 400 aa  823    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  91 
 
 		 400 aa  741    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  51.76 
 
 		 406 aa  441  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  50.63 
 
 		 407 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  33.78 
 
 		 413 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 		 421 aa  156  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  30.44 
 
 		 434 aa  155  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 		 417 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 		 418 aa  152  1e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  28.12 
 
 		 416 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 		 402 aa  145  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  28.32 
 
 		 414 aa  143  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  27.88 
 
 		 416 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 		 434 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 		 415 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 		 406 aa  129  9.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 		 397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 		 408 aa  126  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 		 414 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 416 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 416 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 		 411 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 		 394 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  25.31 
 
 		 418 aa  109  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.81 
 
 		 381 aa  108  2e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.57 
 
 		 385 aa  106  9e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 		 372 aa  105  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 		 436 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 		 381 aa  104  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 377 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  32.07 
 
 		 393 aa  101  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.24 
 
 		 401 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 		 372 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 		 372 aa  99.4  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3294  ABC transporter substrate binding protein (branched chain amino acid)  28.11 
 
 		 368 aa  99.4  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0602747  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 		 339 aa  99.4  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5327  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  25 
 
 		 372 aa  99.4  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.25236 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 		 407 aa  98.6  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 		 388 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3685  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 		 371 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 		 377 aa  97.8  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  29.88 
 
 		 375 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1775  extracellular ligand-binding receptor  26.41 
 
 		 370 aa  97.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.915027  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0569  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 364 aa  97.1  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.783749  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.17 
 
 		 403 aa  97.1  6e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.71 
 
 		 387 aa  96.7  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  30.61 
 
 		 401 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  26 
 
 		 380 aa  96.3  8e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4334  Extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 		 368 aa  96.3  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  27.98 
 
 		 371 aa  96.3  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  28.07 
 
 		 373 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 		 383 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 		 375 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2254  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 		 373 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.412845 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.33 
 
 		 374 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 		 368 aa  94.4  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3159  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 		 376 aa  94  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 		 417 aa  94  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 		 376 aa  94  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 		 383 aa  94  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 		 372 aa  93.2  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  29.58 
 
 		 375 aa  92.8  8e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 		 383 aa  93.2  8e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2213  extracellular ligand-binding receptor  25.73 
 
 		 371 aa  92.8  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.650544 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2171  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 370 aa  92.4  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.6 
 
 		 383 aa  92.8  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 		 371 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 		 402 aa  92  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 		 376 aa  92  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.58 
 
 		 373 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 		 373 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1618  extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 		 371 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.64009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  24.67 
 
 		 373 aa  91.3  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  28.27 
 
 		 373 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4698  extracellular ligand-binding receptor  28.48 
 
 		 366 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.026016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 		 370 aa  90.9  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2615  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 		 373 aa  90.5  5e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  23.88 
 
 		 373 aa  89.7  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 		 376 aa  89.7  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  23.88 
 
 		 373 aa  89.7  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 		 371 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 		 367 aa  89  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 		 371 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 		 376 aa  89  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 		 368 aa  89  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 		 374 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3084  extracellular ligand-binding receptor  27.69 
 
 		 386 aa  88.2  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0552294  normal  0.474312 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 		 373 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 		 382 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 373 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 373 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  25.31 
 
 		 382 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 		 373 aa  87.8  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 		 382 aa  87.4  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2119  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 376 aa  87.4  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1728  Extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 		 375 aa  87.4  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 		 373 aa  87.4  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 364 aa  87  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2810  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 		 377 aa  87  6e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.079562  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>