More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0141 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
406 aa  830    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  38.15 
 
 
411 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  35.71 
 
 
407 aa  245  9.999999999999999e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  35.28 
 
 
406 aa  218  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.28 
 
 
406 aa  217  2.9999999999999998e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  31.83 
 
 
403 aa  209  6e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 
413 aa  209  8e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  34.62 
 
 
401 aa  205  1e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  33.68 
 
 
453 aa  194  2e-48  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  33.84 
 
 
459 aa  193  5e-48  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0446  extracellular ligand-binding receptor  32.81 
 
 
392 aa  177  4e-43  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  32.49 
 
 
470 aa  176  7e-43  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  32.01 
 
 
414 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  35.06 
 
 
406 aa  155  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
408 aa  131  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
394 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 
402 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
383 aa  117  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.69 
 
 
383 aa  116  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 
397 aa  116  8.999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
383 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
382 aa  114  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
402 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.98 
 
 
385 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.92 
 
 
373 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.76 
 
 
376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  27.94 
 
 
414 aa  110  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.87 
 
 
401 aa  109  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
413 aa  108  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
373 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
375 aa  107  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
373 aa  107  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
373 aa  107  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
376 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
434 aa  104  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
373 aa  105  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.23 
 
 
403 aa  104  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0834  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
373 aa  104  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.41 
 
 
381 aa  103  4e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 
419 aa  102  9e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
417 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2303  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 
432 aa  102  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 
401 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
373 aa  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2205  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
418 aa  101  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
373 aa  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4443  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
413 aa  102  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
421 aa  102  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.75 
 
 
396 aa  101  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.52 
 
 
373 aa  101  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 
386 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
398 aa  101  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  26.35 
 
 
416 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
373 aa  99.8  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  27.22 
 
 
407 aa  99.8  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
373 aa  99.8  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.55 
 
 
387 aa  99  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
373 aa  99.4  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
376 aa  99.4  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
382 aa  99.4  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
397 aa  98.2  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
415 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  29.16 
 
 
381 aa  97.4  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
387 aa  97.1  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
339 aa  97.1  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
418 aa  96.7  6e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5221  Extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
379 aa  96.7  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.029602  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
399 aa  96.7  7e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2499  twin-arginine translocation pathway signal  25.36 
 
 
407 aa  96.7  7e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 
371 aa  96.7  7e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3401  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
381 aa  96.3  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 
414 aa  96.3  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  27.97 
 
 
391 aa  96.3  9e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0265  extracellular ligand-binding receptor  31 
 
 
376 aa  95.9  1e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000854786  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
383 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  25.49 
 
 
416 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
395 aa  95.9  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
388 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
379 aa  95.1  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
377 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 
388 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1544  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 
428 aa  95.1  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
376 aa  95.1  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  25.71 
 
 
373 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  27.5 
 
 
373 aa  94.4  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1469  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
396 aa  94.4  4e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.1 
 
 
467 aa  94.4  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4492  extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 
388 aa  94  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
382 aa  94  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
383 aa  93.6  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2810  extracellular ligand-binding receptor  27.34 
 
 
377 aa  92.8  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.079562  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  26.09 
 
 
380 aa  92  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
382 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
405 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3428  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
388 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  25.71 
 
 
373 aa  92  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
375 aa  91.3  3e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
390 aa  91.3  3e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  22.64 
 
 
416 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
379 aa  90.9  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>