More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1136 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1136  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
414 aa  845    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.206863 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1598  Extracellular ligand-binding receptor  85.75 
 
 
414 aa  738    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.04 
 
 
387 aa  95.1  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  23.81 
 
 
416 aa  93.2  7e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  23.72 
 
 
407 aa  92  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 
408 aa  92  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 
397 aa  91.3  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  23.04 
 
 
416 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 
378 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 
415 aa  87.4  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.31 
 
 
403 aa  84.3  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
406 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  28.69 
 
 
407 aa  83.2  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
400 aa  82.8  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
403 aa  82.8  0.00000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 
413 aa  82.4  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  21.73 
 
 
414 aa  82.8  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
377 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  23.29 
 
 
416 aa  79.7  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
415 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.94 
 
 
392 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 
403 aa  77  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
418 aa  76.6  0.0000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  30.99 
 
 
397 aa  76.3  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 
400 aa  75.1  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  21.95 
 
 
416 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
339 aa  74.7  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
417 aa  73.6  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.04 
 
 
401 aa  73.6  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  27.06 
 
 
412 aa  73.2  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  21.51 
 
 
414 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  31.82 
 
 
390 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 
402 aa  72.4  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
437 aa  72.4  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
434 aa  72  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  24.9 
 
 
389 aa  72  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
445 aa  71.6  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 
400 aa  71.6  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 
406 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
379 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 
439 aa  71.2  0.00000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
397 aa  71.6  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  22.88 
 
 
395 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 
409 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  31.52 
 
 
402 aa  70.5  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 
414 aa  70.1  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  27.69 
 
 
384 aa  70.5  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  32.34 
 
 
406 aa  70.1  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  24.64 
 
 
384 aa  70.1  0.00000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  28.18 
 
 
409 aa  70.1  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
411 aa  69.7  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.4 
 
 
385 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.97 
 
 
415 aa  68.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
386 aa  69.7  0.0000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0942  twin-arginine translocation pathway signal  30.16 
 
 
407 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
407 aa  68.6  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 
434 aa  68.9  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  24.59 
 
 
402 aa  68.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 
411 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
382 aa  68.2  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
388 aa  68.2  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0563  twin-arginine translocation pathway signal  30.66 
 
 
421 aa  68.2  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.540695  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  26.36 
 
 
412 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
388 aa  68.2  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
411 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  23.47 
 
 
436 aa  67.8  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  25.91 
 
 
409 aa  67.8  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  26.15 
 
 
405 aa  67.4  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.48 
 
 
407 aa  67.4  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
418 aa  67.8  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1815  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
419 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00146471 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3501  extracellular ligand-binding receptor  22.11 
 
 
448 aa  67  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 
410 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
435 aa  67.4  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  26.48 
 
 
409 aa  67.4  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4215  extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 
402 aa  67  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  24.64 
 
 
417 aa  66.6  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 
415 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 
415 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
396 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  24.35 
 
 
407 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 
376 aa  66.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4487  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 
384 aa  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00567759  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 
374 aa  66.2  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  26.67 
 
 
411 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 
415 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  27.16 
 
 
405 aa  65.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  22.52 
 
 
395 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 
393 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  24.77 
 
 
410 aa  65.1  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
401 aa  65.1  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4759  extracellular ligand-binding receptor  27.31 
 
 
421 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2965  extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 
413 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.820015  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  27.16 
 
 
405 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
396 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 
421 aa  64.7  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  27.16 
 
 
405 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  26.64 
 
 
388 aa  64.7  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.27 
 
 
395 aa  64.3  0.000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>