More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2884 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  84.82 
 
 
416 aa  736    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  84.54 
 
 
414 aa  711    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  84.82 
 
 
416 aa  737    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  100 
 
 
414 aa  848    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  85.51 
 
 
415 aa  741    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  68.84 
 
 
416 aa  597  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  66.91 
 
 
416 aa  585  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  70.39 
 
 
418 aa  556  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 
436 aa  235  1.0000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
417 aa  208  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  34.17 
 
 
408 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2279  extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 
448 aa  191  2.9999999999999997e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  33.57 
 
 
406 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.82 
 
 
387 aa  181  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 
434 aa  180  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  32.23 
 
 
402 aa  179  8e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2827  extracellular ligand-binding receptor  28.64 
 
 
458 aa  176  6e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.11004  normal  0.674457 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.03 
 
 
403 aa  169  7e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
418 aa  162  1e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
413 aa  157  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 
401 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  29.29 
 
 
407 aa  157  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 
421 aa  156  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  28.64 
 
 
400 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.87 
 
 
401 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 
406 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.16 
 
 
385 aa  142  8e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  29.07 
 
 
400 aa  142  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 
402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
394 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.59 
 
 
383 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
383 aa  133  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
383 aa  133  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 
411 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 
397 aa  129  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.23 
 
 
381 aa  120  3e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  27.8 
 
 
406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 
339 aa  114  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 
381 aa  112  8.000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 
403 aa  113  8.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
407 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.2 
 
 
376 aa  111  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.18 
 
 
396 aa  107  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  25.18 
 
 
414 aa  103  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 
434 aa  101  2e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
417 aa  101  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
460 aa  99.8  7e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
380 aa  99.4  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
380 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  26.63 
 
 
371 aa  98.6  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.9 
 
 
406 aa  98.2  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.9 
 
 
406 aa  97.8  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
383 aa  97.4  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
383 aa  97.4  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  23.04 
 
 
439 aa  97.4  4e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
378 aa  97.4  4e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
378 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
378 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26 
 
 
402 aa  96.7  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 
376 aa  96.7  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
378 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
381 aa  96.3  9e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 
383 aa  96.3  9e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 
382 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
380 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 
397 aa  95.5  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
376 aa  95.9  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 
380 aa  95.9  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
375 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.37 
 
 
376 aa  95.5  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
380 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
380 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
380 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
378 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
391 aa  95.5  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
391 aa  95.5  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
380 aa  94.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  27.37 
 
 
380 aa  94.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 
386 aa  94.7  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 
382 aa  94.4  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1598  Extracellular ligand-binding receptor  23.06 
 
 
414 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
380 aa  94.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 
381 aa  94  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.57 
 
 
404 aa  94  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4808  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
382 aa  93.2  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.94 
 
 
383 aa  92.8  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
395 aa  92.8  9e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
373 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.1 
 
 
380 aa  92.4  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1136  twin-arginine translocation pathway signal  23.06 
 
 
414 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.206863 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4471  extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 
373 aa  92.4  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 
409 aa  92.4  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
393 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1728  Extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 
375 aa  92.4  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 
375 aa  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4919  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.11 
 
 
380 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 
394 aa  91.3  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.74 
 
 
380 aa  91.3  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.18 
 
 
373 aa  91.3  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.78 
 
 
399 aa  91.3  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>