More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1972 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
403 aa  818    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  36.1 
 
 
413 aa  259  6e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  36.58 
 
 
411 aa  222  9e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  32.56 
 
 
401 aa  218  2e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  31.99 
 
 
407 aa  217  2.9999999999999998e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.84 
 
 
406 aa  216  4e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.84 
 
 
406 aa  216  5.9999999999999996e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  31.83 
 
 
406 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  30.28 
 
 
459 aa  189  9e-47  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
453 aa  186  8e-46  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  31.36 
 
 
414 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0446  extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
392 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 
470 aa  171  1e-41  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 
413 aa  144  4e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 
434 aa  138  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
421 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.04 
 
 
385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
397 aa  129  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
394 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.64 
 
 
381 aa  124  2e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 
417 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.57 
 
 
376 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 
406 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
383 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 
418 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.65 
 
 
383 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
383 aa  115  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  24.52 
 
 
416 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  24.25 
 
 
416 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
415 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  26.85 
 
 
414 aa  113  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
402 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
381 aa  110  5e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
402 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 
416 aa  109  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
416 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.9 
 
 
373 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  26.37 
 
 
407 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
380 aa  107  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  25.32 
 
 
393 aa  107  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 
414 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.27 
 
 
378 aa  107  6e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0326  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
441 aa  106  6e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.933316  normal  0.182521 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  29.69 
 
 
402 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
406 aa  106  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0643  Extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
395 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
373 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.88 
 
 
401 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
373 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  27.17 
 
 
380 aa  103  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.49 
 
 
380 aa  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
373 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
373 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
373 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
394 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3401  extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 
381 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
418 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 
373 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
397 aa  101  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1941  Extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 
416 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
379 aa  100  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
379 aa  99  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
375 aa  99  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.86 
 
 
396 aa  98.2  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
384 aa  97.8  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  23.61 
 
 
399 aa  98.2  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  25.59 
 
 
379 aa  97.8  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
404 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
380 aa  97.8  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 
383 aa  97.8  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.96 
 
 
404 aa  97.4  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
379 aa  97.1  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 
405 aa  97.1  6e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 
404 aa  96.7  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
376 aa  96.7  7e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
375 aa  96.3  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
393 aa  95.9  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2119  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
376 aa  95.9  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 
376 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 
373 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
395 aa  94.7  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2303  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
432 aa  95.5  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
377 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
379 aa  95.1  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4443  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
413 aa  95.1  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 
382 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 
372 aa  94.7  3e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  23.03 
 
 
400 aa  94.7  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
374 aa  94.7  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 
419 aa  94.4  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  22.86 
 
 
436 aa  94.4  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 
439 aa  94.7  3e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
392 aa  94.4  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2810  extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 
377 aa  94  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.079562  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  26.08 
 
 
408 aa  94  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
393 aa  94  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.12 
 
 
373 aa  94  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1544  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
428 aa  94  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>