More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2810 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2810  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
377 aa  761    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.079562  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5221  Extracellular ligand-binding receptor  76.52 
 
 
379 aa  574  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.029602  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1045  extracellular ligand-binding receptor  73.06 
 
 
378 aa  561  1.0000000000000001e-159  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  54.05 
 
 
373 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.18 
 
 
373 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  51.21 
 
 
373 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.21 
 
 
373 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  50.13 
 
 
373 aa  369  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  50.94 
 
 
373 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  49.87 
 
 
373 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  50.94 
 
 
373 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  49.87 
 
 
373 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  49.34 
 
 
375 aa  355  5e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  48 
 
 
380 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3401  extracellular ligand-binding receptor  47.87 
 
 
379 aa  346  4e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.388266 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  48.77 
 
 
371 aa  344  2e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  50.71 
 
 
376 aa  342  4e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4969  extracellular ligand-binding receptor  45.33 
 
 
371 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.935688  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  46.77 
 
 
376 aa  329  6e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  46.77 
 
 
376 aa  325  7e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  48.72 
 
 
401 aa  325  7e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  46.92 
 
 
400 aa  325  1e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.86 
 
 
402 aa  322  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  45.36 
 
 
375 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  44.47 
 
 
381 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3159  extracellular ligand-binding receptor  49.01 
 
 
376 aa  319  3.9999999999999996e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  43.94 
 
 
381 aa  317  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  47.94 
 
 
460 aa  316  3e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1940  putative secreted substrate binding protein  45.04 
 
 
375 aa  316  4e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0532415 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  45.64 
 
 
401 aa  315  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1728  Extracellular ligand-binding receptor  49.14 
 
 
375 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2197  extracellular ligand-binding receptor  45.96 
 
 
376 aa  313  2.9999999999999996e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.974618 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0371  extracellular ligand-binding receptor  45.96 
 
 
383 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  45.93 
 
 
401 aa  313  4.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3860  extracellular ligand-binding receptor  45.81 
 
 
381 aa  309  4e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470803  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  45.64 
 
 
401 aa  309  4e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  45.85 
 
 
336 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.9 
 
 
380 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.9 
 
 
380 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  44.9 
 
 
380 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  44.61 
 
 
380 aa  306  3e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  45.87 
 
 
372 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  47.81 
 
 
398 aa  306  4.0000000000000004e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  45.71 
 
 
377 aa  306  5.0000000000000004e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.87 
 
 
380 aa  306  6e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.87 
 
 
380 aa  306  6e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.87 
 
 
380 aa  306  6e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  45.87 
 
 
380 aa  306  6e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.87 
 
 
380 aa  306  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  45.16 
 
 
399 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.48 
 
 
380 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  44.48 
 
 
380 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.61 
 
 
380 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  44.61 
 
 
376 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  44.48 
 
 
380 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.61 
 
 
380 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.61 
 
 
380 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  43.9 
 
 
391 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  44.48 
 
 
380 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  43.9 
 
 
391 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  43.9 
 
 
380 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  44.73 
 
 
378 aa  300  2e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3084  extracellular ligand-binding receptor  44.61 
 
 
386 aa  297  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0552294  normal  0.474312 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  43.09 
 
 
379 aa  296  3e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  45.24 
 
 
384 aa  293  3e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  42.44 
 
 
377 aa  293  3e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  45.24 
 
 
384 aa  293  3e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  43.01 
 
 
380 aa  293  5e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.48 
 
 
377 aa  293  5e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  42.52 
 
 
386 aa  293  5e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3346  extracellular ligand-binding receptor  46.9 
 
 
380 aa  292  6e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  42.52 
 
 
386 aa  292  6e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.82 
 
 
379 aa  292  7e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2119  extracellular ligand-binding receptor  43.64 
 
 
376 aa  292  7e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  43.31 
 
 
381 aa  292  8e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  43.57 
 
 
393 aa  291  9e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.11 
 
 
399 aa  291  9e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  41.45 
 
 
399 aa  291  9e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  42.29 
 
 
379 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  42.29 
 
 
379 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  42.29 
 
 
379 aa  291  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  44.51 
 
 
384 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  42.42 
 
 
382 aa  290  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  42.7 
 
 
382 aa  290  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  42.29 
 
 
379 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  42.29 
 
 
379 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.29 
 
 
379 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.38 
 
 
384 aa  290  4e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  43.93 
 
 
384 aa  290  4e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.42 
 
 
382 aa  289  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  42.55 
 
 
379 aa  290  4e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  42.82 
 
 
375 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3145  Extracellular ligand-binding receptor  41.94 
 
 
399 aa  287  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00633656  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  41.49 
 
 
379 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  41.22 
 
 
379 aa  286  4e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  43.93 
 
 
384 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  43.93 
 
 
384 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  42.86 
 
 
384 aa  285  8e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6110  extracellular ligand-binding receptor  41.28 
 
 
369 aa  285  9e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  41.49 
 
 
379 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>