More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0848 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
470 aa  960    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0446  extracellular ligand-binding receptor  85.97 
 
 
392 aa  701    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  74.89 
 
 
453 aa  717    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  85.4 
 
 
459 aa  725    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  32.91 
 
 
413 aa  218  2e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  34.26 
 
 
407 aa  218  2e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  31.27 
 
 
411 aa  177  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  32.49 
 
 
406 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.4 
 
 
406 aa  172  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.4 
 
 
406 aa  172  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
403 aa  172  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 
401 aa  171  3e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  28.64 
 
 
394 aa  139  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.01 
 
 
385 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 
397 aa  126  7e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
402 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 
434 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 
383 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 
417 aa  116  7.999999999999999e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
383 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.9 
 
 
383 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 
421 aa  113  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.59 
 
 
381 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 
414 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 
439 aa  108  3e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 
402 aa  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
381 aa  104  4e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  27.43 
 
 
407 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
406 aa  99.8  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  25.74 
 
 
416 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
339 aa  96.3  9e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 
415 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  24.75 
 
 
416 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.55 
 
 
401 aa  94.7  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
416 aa  93.2  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.5 
 
 
387 aa  92.8  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  22.47 
 
 
418 aa  92.8  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 
414 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
416 aa  92  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  29.54 
 
 
386 aa  88.6  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  32.77 
 
 
408 aa  88.2  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0765  hypothetical protein  28.91 
 
 
445 aa  88.2  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0404375 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  23.08 
 
 
368 aa  87  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
376 aa  87  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
400 aa  85.9  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  24.14 
 
 
414 aa  85.9  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  27.31 
 
 
382 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2499  twin-arginine translocation pathway signal  23.48 
 
 
407 aa  84  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4443  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
413 aa  83.6  0.000000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
373 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
436 aa  83.2  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4089  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  23.47 
 
 
428 aa  82.4  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120438  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4762  extracellular ligand-binding receptor  24.14 
 
 
424 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.78314 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 
382 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.02 
 
 
373 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
372 aa  81.3  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
374 aa  81.6  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
373 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  23.93 
 
 
400 aa  81.3  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
418 aa  81.3  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2303  extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 
432 aa  80.5  0.00000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
445 aa  80.5  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  27.31 
 
 
373 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  27.31 
 
 
373 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
378 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
378 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
378 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  24.34 
 
 
378 aa  80.1  0.00000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
375 aa  80.1  0.00000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 
401 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1815  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
419 aa  79.7  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00146471 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3966  hypothetical protein  27.16 
 
 
386 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0064  Extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 
421 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2205  extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 
418 aa  77.4  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2965  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
413 aa  77.4  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.820015  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 
373 aa  77  0.0000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 
375 aa  76.6  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  23.13 
 
 
406 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  24.12 
 
 
413 aa  76.3  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  29 
 
 
380 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29 
 
 
380 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 
374 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 
371 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  29 
 
 
372 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29 
 
 
380 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 
384 aa  75.1  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  23.93 
 
 
417 aa  75.5  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29 
 
 
380 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29 
 
 
380 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  23.68 
 
 
364 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.08 
 
 
403 aa  74.7  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
371 aa  74.3  0.000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5391  Extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 
417 aa  74.3  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.59544  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 
370 aa  73.9  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 
387 aa  73.6  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 
378 aa  73.2  0.000000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0562  extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 
385 aa  72.8  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.419655  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  24.22 
 
 
376 aa  72.4  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>