More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4089 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4089  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  100 
 
 		 428 aa  882    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120438  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1941  Extracellular ligand-binding receptor  72.95 
 
 		 416 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0064  Extracellular ligand-binding receptor  64.15 
 
 		 421 aa  557  1e-157  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4759  extracellular ligand-binding receptor  67.62 
 
 		 421 aa  553  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2965  extracellular ligand-binding receptor  64.87 
 
 		 413 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.820015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4762  extracellular ligand-binding receptor  62.94 
 
 		 424 aa  538  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.78314 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1815  extracellular ligand-binding receptor  64.4 
 
 		 419 aa  520  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146471 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0482  extracellular ligand-binding receptor  51.84 
 
 		 412 aa  428  1e-118  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1322  extracellular ligand-binding receptor  51.32 
 
 		 418 aa  396  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0679703  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3307  Extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 		 461 aa  162  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1321  Extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 		 444 aa  136  7.000000000000001e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3808  Extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 		 434 aa  135  1.9999999999999998e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 		 417 aa  123  6e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1254  Extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 		 474 aa  116  7.999999999999999e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.73 
 
 		 376 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.58 
 
 		 396 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 394 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 		 376 aa  103  7e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.94 
 
 		 402 aa  103  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 		 380 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 		 391 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 		 386 aa  102  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 		 391 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 		 398 aa  102  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  29.94 
 
 		 381 aa  102  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  30.23 
 
 		 381 aa  102  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 		 384 aa  101  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 		 380 aa  101  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 		 380 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 		 376 aa  100  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.62 
 
 		 376 aa  99.4  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.27 
 
 		 384 aa  99.4  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 		 384 aa  99  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.62 
 
 		 380 aa  99.4  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.62 
 
 		 380 aa  99.4  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.62 
 
 		 380 aa  99.4  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.87 
 
 		 380 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  29.87 
 
 		 380 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.62 
 
 		 380 aa  98.2  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.87 
 
 		 380 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 		 394 aa  97.1  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 		 384 aa  97.4  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 		 401 aa  97.4  5e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.94 
 
 		 380 aa  97.1  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  28.94 
 
 		 380 aa  97.1  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.94 
 
 		 380 aa  97.1  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.35 
 
 		 389 aa  96.7  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.94 
 
 		 380 aa  97.1  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.94 
 
 		 380 aa  97.1  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 		 386 aa  96.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 		 384 aa  96.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0360  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 381 aa  96.7  7e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  28.94 
 
 		 372 aa  96.7  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 		 380 aa  96.3  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 		 384 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 386 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 		 384 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 		 459 aa  96.3  1e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 		 384 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 		 384 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 439 aa  95.1  2e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 		 384 aa  94.4  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 		 387 aa  94.4  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 		 381 aa  94  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 397 aa  94  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 		 374 aa  94  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 		 384 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.51 
 
 		 406 aa  93.6  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 		 402 aa  93.2  8e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.51 
 
 		 406 aa  93.2  8e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.41 
 
 		 380 aa  93.2  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  28.17 
 
 		 386 aa  93.2  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 		 396 aa  92.8  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 		 376 aa  92.8  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 		 392 aa  92  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  26.59 
 
 		 399 aa  92  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  28.21 
 
 		 383 aa  91.7  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  24.47 
 
 		 453 aa  92  2e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 		 397 aa  91.3  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 		 372 aa  91.3  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0514  extracellular ligand-binding receptor  23.76 
 
 		 409 aa  90.9  4e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.08 
 
 		 378 aa  90.9  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 		 397 aa  90.9  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 		 382 aa  90.9  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 400 aa  90.5  5e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 		 373 aa  90.5  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 		 382 aa  90.1  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  23.48 
 
 		 403 aa  90.1  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  28.68 
 
 		 372 aa  90.1  7e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 		 393 aa  90.1  7e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 		 415 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 		 384 aa  90.1  7e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 376 aa  89.7  8e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 		 419 aa  89  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2330  Extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 		 386 aa  89  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  25.43 
 
 		 395 aa  89.4  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 		 381 aa  89  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  25.92 
 
 		 391 aa  89.4  1e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 411 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  24.64 
 
 		 377 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>