More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2303 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_2303  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
432 aa  876    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1544  extracellular ligand-binding receptor  88.89 
 
 
428 aa  733    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4443  extracellular ligand-binding receptor  33.51 
 
 
413 aa  175  9.999999999999999e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  31.03 
 
 
407 aa  151  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 
411 aa  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
439 aa  139  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.44 
 
 
406 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.44 
 
 
406 aa  130  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  28.84 
 
 
401 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 
413 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 
402 aa  123  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
394 aa  121  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 
406 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 
339 aa  107  6e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
453 aa  103  5e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
386 aa  100  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
459 aa  98.2  2e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
403 aa  97.4  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
413 aa  95.9  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 
382 aa  95.5  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.65 
 
 
376 aa  94.7  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0360  extracellular ligand-binding receptor  23.31 
 
 
381 aa  94  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  24.14 
 
 
381 aa  93.6  7e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
406 aa  92.8  9e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  25.96 
 
 
376 aa  92.8  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
382 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  25.22 
 
 
371 aa  89.4  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2499  twin-arginine translocation pathway signal  25.13 
 
 
407 aa  89  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  23.99 
 
 
374 aa  87  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  25.12 
 
 
470 aa  85.9  0.000000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.55 
 
 
401 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0514  extracellular ligand-binding receptor  25.31 
 
 
409 aa  85.1  0.000000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
375 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  24.07 
 
 
413 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  24.21 
 
 
373 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  24.64 
 
 
374 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
372 aa  84.3  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0597  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
378 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
400 aa  83.2  0.000000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0326  extracellular ligand-binding receptor  22.76 
 
 
441 aa  82.4  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.933316  normal  0.182521 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  23.86 
 
 
373 aa  82  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 
404 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 
378 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 
378 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 
382 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 
378 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  23.55 
 
 
378 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  23.63 
 
 
388 aa  80.9  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 
374 aa  80.9  0.00000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
370 aa  80.5  0.00000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
376 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
376 aa  79.7  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  23.73 
 
 
372 aa  78.6  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
400 aa  79  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.44 
 
 
385 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  22.75 
 
 
414 aa  77.8  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  23.05 
 
 
411 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0446  extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 
392 aa  77.8  0.0000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1935  Extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
375 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 
414 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.83 
 
 
374 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4698  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
366 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.026016  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 
372 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  25.26 
 
 
402 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 
402 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 
396 aa  77  0.0000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
393 aa  76.6  0.0000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 
382 aa  76.6  0.0000000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  23.96 
 
 
373 aa  76.3  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  28.51 
 
 
402 aa  76.3  0.0000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  24.03 
 
 
373 aa  75.9  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 
364 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  21.97 
 
 
371 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 
370 aa  75.9  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 
403 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
392 aa  76.3  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
383 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  22.25 
 
 
375 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
383 aa  75.5  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  24.47 
 
 
407 aa  75.5  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5391  Extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
417 aa  75.5  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.59544  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
384 aa  75.1  0.000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  24.59 
 
 
377 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.73 
 
 
387 aa  74.3  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
399 aa  74.7  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1054  extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
370 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.145597 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  22.9 
 
 
373 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2757  Extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
374 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  21.36 
 
 
416 aa  73.9  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  23.12 
 
 
393 aa  73.9  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  22.48 
 
 
434 aa  73.9  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 
374 aa  73.6  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
381 aa  73.6  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
368 aa  73.6  0.000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2534  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
374 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 
412 aa  73.6  0.000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
395 aa  73.6  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  21.41 
 
 
371 aa  73.6  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  21.95 
 
 
416 aa  73.6  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>