More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3686 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
383 aa  768    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  74.16 
 
 
393 aa  552  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  69.89 
 
 
389 aa  543  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1214  extracellular ligand-binding receptor  71.11 
 
 
380 aa  530  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  69.36 
 
 
407 aa  523  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  61.62 
 
 
384 aa  478  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  55.7 
 
 
379 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.5 
 
 
376 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.03 
 
 
395 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  32.59 
 
 
375 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.02 
 
 
396 aa  133  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  29.21 
 
 
379 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  32.21 
 
 
376 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 
392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 
394 aa  130  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.67 
 
 
399 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  30.72 
 
 
382 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.96 
 
 
380 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 
374 aa  128  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 
390 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  29.97 
 
 
392 aa  126  5e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  31.42 
 
 
397 aa  125  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
399 aa  124  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  32.22 
 
 
373 aa  124  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
379 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
379 aa  124  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 
397 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
384 aa  124  4e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 
381 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
380 aa  123  7e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 
397 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 
397 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
392 aa  122  9e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.05 
 
 
397 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
379 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  31.86 
 
 
372 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
388 aa  120  3e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
380 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
399 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
379 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
400 aa  120  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
394 aa  119  6e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  29.15 
 
 
386 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 
382 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 
382 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 
405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
386 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 
382 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  29.59 
 
 
372 aa  117  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  33.44 
 
 
386 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  33.44 
 
 
386 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
392 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.53 
 
 
399 aa  117  3.9999999999999997e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
376 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
383 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 
395 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.85 
 
 
374 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.45 
 
 
405 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  33.12 
 
 
386 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 
374 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 
404 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  27.69 
 
 
397 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 
376 aa  114  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  30.52 
 
 
373 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
389 aa  114  4.0000000000000004e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 
388 aa  113  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.51 
 
 
378 aa  112  9e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
394 aa  112  9e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
387 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 
382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
392 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  29.43 
 
 
373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 
403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.82 
 
 
428 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3294  ABC transporter substrate binding protein (branched chain amino acid)  29.94 
 
 
368 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0602747  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
392 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
392 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
398 aa  111  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  29.45 
 
 
388 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
387 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
396 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  31.62 
 
 
394 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4808  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
382 aa  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 
377 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
384 aa  109  1e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
378 aa  108  1e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.79 
 
 
382 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
382 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  31.01 
 
 
390 aa  108  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
402 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
412 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  26.41 
 
 
383 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 
378 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 
385 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 
375 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1618  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
371 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.64009  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  30.47 
 
 
371 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
406 aa  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
389 aa  107  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.54 
 
 
388 aa  106  6e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>