More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2022 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
373 aa  747    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  32.98 
 
 
374 aa  209  5e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  34.77 
 
 
376 aa  193  4e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
390 aa  181  2e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 
378 aa  173  5e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0701  Extracellular ligand-binding receptor  31.18 
 
 
377 aa  172  9e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0183935  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  36.67 
 
 
398 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  32.69 
 
 
399 aa  167  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  31.39 
 
 
419 aa  167  2.9999999999999998e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  31.48 
 
 
382 aa  166  5e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 
383 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 
390 aa  162  9e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3416  extracellular ligand-binding receptor  30.16 
 
 
383 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  33.23 
 
 
381 aa  159  7e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.14 
 
 
396 aa  158  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  30.26 
 
 
371 aa  159  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1162  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.08 
 
 
369 aa  155  9e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.438916  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1037  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.08 
 
 
369 aa  155  9e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.148346  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0770  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.08 
 
 
369 aa  155  1e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.132066  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 
396 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  30.72 
 
 
393 aa  155  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  30.65 
 
 
392 aa  152  1e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5152  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
383 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.482519  normal  0.580615 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 
384 aa  151  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 
383 aa  149  8e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 
386 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2678  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.89 
 
 
383 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  31.53 
 
 
395 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4047  extracellular ligand-binding receptor  29.37 
 
 
383 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  32.19 
 
 
397 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1111  branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.07 
 
 
371 aa  148  2.0000000000000003e-34  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3474  extracellular ligand-binding receptor  29.37 
 
 
383 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0862  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
375 aa  146  5e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.38 
 
 
399 aa  145  8.000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.64 
 
 
371 aa  145  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.64 
 
 
371 aa  145  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
397 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.12 
 
 
395 aa  145  1e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
397 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  30.98 
 
 
377 aa  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.44 
 
 
397 aa  144  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  32.53 
 
 
381 aa  143  4e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
402 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
382 aa  143  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 
386 aa  143  6e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 
404 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 
373 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.34 
 
 
404 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
383 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
397 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  30.48 
 
 
378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.9 
 
 
383 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 
401 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  31.53 
 
 
394 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
401 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.65 
 
 
391 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 
400 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
401 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
404 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7952  Extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 
384 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351177  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
386 aa  139  6e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 
376 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0610  Extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 
378 aa  139  7.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
375 aa  139  1e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.5 
 
 
399 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
397 aa  138  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 
373 aa  138  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.57 
 
 
373 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
382 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 
371 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
382 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  31.3 
 
 
373 aa  136  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1110  branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.14 
 
 
370 aa  136  5e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4469  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.1 
 
 
404 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
381 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
381 aa  135  9e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
382 aa  135  9e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
382 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.9 
 
 
380 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0399  branched-chain amino-acid ABC transport system periplasmic binding protein  31.99 
 
 
372 aa  135  9.999999999999999e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.23 
 
 
467 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.61 
 
 
402 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
380 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 
384 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
460 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
380 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 
373 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.5 
 
 
399 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
373 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 
376 aa  134  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
391 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0592  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
447 aa  134  3e-30  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.944632  hitchhiker  0.0000426056 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 
373 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
391 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
373 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
380 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 
370 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.49 
 
 
373 aa  133  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  28.05 
 
 
382 aa  133  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
373 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>