More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3645 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
401 aa  811    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  73.52 
 
 
406 aa  609  1e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  73.78 
 
 
406 aa  610  1e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  37.43 
 
 
413 aa  241  2e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  32.17 
 
 
403 aa  219  5e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 
407 aa  210  3e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  34.38 
 
 
411 aa  210  4e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  34.3 
 
 
406 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  31.39 
 
 
453 aa  186  4e-46  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  31.9 
 
 
459 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 
414 aa  180  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  30.13 
 
 
470 aa  170  3e-41  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0446  extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 
392 aa  166  5e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.44 
 
 
385 aa  137  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 
417 aa  133  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
394 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.58 
 
 
383 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
383 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
383 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
397 aa  124  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
434 aa  123  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2303  extracellular ligand-binding receptor  28.84 
 
 
432 aa  122  8e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.01 
 
 
381 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1544  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
428 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 
383 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 
439 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 
382 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  29.83 
 
 
382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
382 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.01 
 
 
467 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.56 
 
 
382 aa  117  5e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2747  putative periplasmic substrate-binding protein  29.56 
 
 
382 aa  117  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312608  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2846  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.56 
 
 
382 aa  117  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1756  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.56 
 
 
382 aa  117  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0548138  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2434  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.56 
 
 
382 aa  117  5e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00891241  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 
402 aa  116  6e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2866  periplasmic ligand binding lipoprotein  29.51 
 
 
662 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.691628  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 
406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
374 aa  114  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.95 
 
 
387 aa  113  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4443  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
413 aa  113  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  28.22 
 
 
378 aa  113  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6456  extracellular ligand-binding receptor  27.52 
 
 
383 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  0.286463 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.49 
 
 
376 aa  112  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
402 aa  111  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 
418 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.43 
 
 
403 aa  110  5e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
421 aa  109  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 
377 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
384 aa  109  9.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
382 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
461 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
382 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
461 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
398 aa  107  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 
383 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
382 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  29.3 
 
 
373 aa  106  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 
383 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.79 
 
 
380 aa  106  9e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 
408 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.44 
 
 
515 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  26.47 
 
 
382 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
373 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.38 
 
 
373 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  29.03 
 
 
373 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
399 aa  104  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
382 aa  104  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
393 aa  103  4e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3551  extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 
389 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3401  extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 
381 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.41 
 
 
373 aa  103  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2499  twin-arginine translocation pathway signal  24.17 
 
 
407 aa  103  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4762  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 
424 aa  102  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.78314 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 
373 aa  102  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1618  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
371 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.64009  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
380 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 
378 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0064  Extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
421 aa  100  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 
373 aa  100  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
374 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
371 aa  100  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
373 aa  99.4  9e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 
388 aa  99.4  9e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
373 aa  99.4  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
373 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1435  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
383 aa  99.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0735342  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 
386 aa  99  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1941  Extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 
416 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0643  Extracellular ligand-binding receptor  23.73 
 
 
395 aa  98.6  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.33 
 
 
383 aa  98.6  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
397 aa  98.2  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
382 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 
375 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 
368 aa  97.8  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.28 
 
 
401 aa  97.8  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4089  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  27.15 
 
 
428 aa  97.8  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120438  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
373 aa  97.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>