More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2005 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  100 
 
 
385 aa  791    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  69.61 
 
 
383 aa  525  1e-148  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  69.09 
 
 
383 aa  522  1e-147  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  68.49 
 
 
402 aa  521  1e-147  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  68.83 
 
 
383 aa  520  1e-146  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  66.93 
 
 
381 aa  508  1e-143  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  65.09 
 
 
381 aa  498  1e-140  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  39.2 
 
 
394 aa  262  6e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  37.79 
 
 
397 aa  241  1e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  34.34 
 
 
339 aa  154  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
382 aa  146  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
417 aa  144  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
373 aa  143  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  30.86 
 
 
393 aa  142  9e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  28.84 
 
 
382 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 
434 aa  139  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  28.82 
 
 
414 aa  139  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  28.54 
 
 
415 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  28.75 
 
 
416 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  27.79 
 
 
416 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
416 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
390 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.66 
 
 
373 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 
407 aa  133  3.9999999999999996e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.13 
 
 
406 aa  134  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.13 
 
 
406 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  30.33 
 
 
411 aa  133  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.65 
 
 
387 aa  132  7.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
401 aa  132  7.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  29.94 
 
 
453 aa  132  9e-30  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 
371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  29.94 
 
 
459 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
403 aa  132  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  29.94 
 
 
393 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.61 
 
 
373 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  32.17 
 
 
399 aa  131  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
416 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  30.94 
 
 
376 aa  130  3e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 
402 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
390 aa  131  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
376 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.18 
 
 
403 aa  130  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 
413 aa  130  5.0000000000000004e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 
414 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2197  extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 
376 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.974618 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
373 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4808  extracellular ligand-binding receptor  30.72 
 
 
382 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.37 
 
 
401 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
373 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  29.21 
 
 
375 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 
470 aa  127  3e-28  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1775  extracellular ligand-binding receptor  30.37 
 
 
370 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.915027  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
383 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
373 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4969  extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 
371 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.935688  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
375 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
418 aa  126  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
406 aa  126  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
373 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
377 aa  126  6e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
373 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 
381 aa  126  7e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
386 aa  126  7e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
373 aa  125  9e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
386 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.43 
 
 
396 aa  125  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 
421 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 
382 aa  125  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  30.62 
 
 
380 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6859  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
382 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278676  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  31 
 
 
401 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
408 aa  125  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
373 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2213  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 
371 aa  124  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.650544 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  31 
 
 
401 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
373 aa  124  3e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
376 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.25 
 
 
376 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  29.14 
 
 
380 aa  124  4e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 
377 aa  123  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 
406 aa  123  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
413 aa  123  6e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
382 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  28.84 
 
 
382 aa  123  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2553  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
386 aa  122  9e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  28.72 
 
 
407 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5152  extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
383 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.482519  normal  0.580615 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2615  extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 
373 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
461 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 
399 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
383 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
461 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0907  putative transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.57 
 
 
405 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.26662  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1153  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.57 
 
 
371 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.488211  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6456  extracellular ligand-binding receptor  29.07 
 
 
383 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  0.286463 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0253  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.57 
 
 
371 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3685  extracellular ligand-binding receptor  30.37 
 
 
371 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28436  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
373 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
382 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1593  putative transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.57 
 
 
405 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0185942  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>