More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1775 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4334  Extracellular ligand-binding receptor  86.14 
 
 
368 aa  658    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2213  extracellular ligand-binding receptor  82.24 
 
 
371 aa  634    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.650544 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3685  extracellular ligand-binding receptor  89.19 
 
 
371 aa  683    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28436  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1618  extracellular ligand-binding receptor  87.5 
 
 
371 aa  673    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.64009  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5327  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  85.44 
 
 
372 aa  652    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.25236 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1775  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
370 aa  753    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.915027  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2615  extracellular ligand-binding receptor  82.34 
 
 
373 aa  630  1e-179  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  60.93 
 
 
388 aa  432  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  57.87 
 
 
372 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  54 
 
 
368 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  56.27 
 
 
375 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  53.39 
 
 
372 aa  402  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  52.83 
 
 
371 aa  392  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  53.12 
 
 
373 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3328  extracellular ligand-binding receptor  52.94 
 
 
366 aa  382  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  50.41 
 
 
371 aa  379  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.41 
 
 
371 aa  379  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5391  Extracellular ligand-binding receptor  53.96 
 
 
417 aa  379  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.59544  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3067  Extracellular ligand-binding receptor  52.7 
 
 
374 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  49.19 
 
 
371 aa  373  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  51.54 
 
 
372 aa  374  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  52.4 
 
 
377 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2254  extracellular ligand-binding receptor  54.24 
 
 
373 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.412845 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0569  Extracellular ligand-binding receptor  50.14 
 
 
364 aa  359  4e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.783749  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  48.77 
 
 
413 aa  355  1e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  48.77 
 
 
374 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  47.45 
 
 
373 aa  349  4e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  48.48 
 
 
368 aa  346  3e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  47.27 
 
 
370 aa  346  4e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  47.11 
 
 
372 aa  344  1e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  47.25 
 
 
371 aa  344  2e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1782  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  49.03 
 
 
371 aa  343  4e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1118  extracellular ligand-binding receptor  49.03 
 
 
371 aa  338  7e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.0000205251  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  46.76 
 
 
378 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  46.76 
 
 
378 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  46.76 
 
 
378 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  46.76 
 
 
378 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4698  extracellular ligand-binding receptor  46.02 
 
 
366 aa  330  2e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.026016  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4919  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.04 
 
 
380 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  43.99 
 
 
374 aa  326  4.0000000000000003e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0597  extracellular ligand-binding receptor  47.3 
 
 
378 aa  324  1e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0552  extracellular ligand-binding receptor  46.61 
 
 
377 aa  323  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0988947  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  44.41 
 
 
364 aa  317  1e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3294  ABC transporter substrate binding protein (branched chain amino acid)  45.7 
 
 
368 aa  309  4e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0602747  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  43.68 
 
 
373 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  43.66 
 
 
373 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  43.49 
 
 
368 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  42.46 
 
 
375 aa  301  8.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  44.35 
 
 
373 aa  300  4e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  43.32 
 
 
372 aa  298  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2171  extracellular ligand-binding receptor  44.41 
 
 
370 aa  298  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  42.94 
 
 
368 aa  297  2e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  42.94 
 
 
371 aa  297  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  42.94 
 
 
371 aa  297  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  42.94 
 
 
371 aa  296  3e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  42.36 
 
 
371 aa  295  7e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  42.66 
 
 
368 aa  295  8e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  44.17 
 
 
367 aa  295  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  42.73 
 
 
372 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  43.72 
 
 
371 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.15 
 
 
399 aa  293  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  42.73 
 
 
372 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  42.73 
 
 
372 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  44.14 
 
 
367 aa  293  2e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03309  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  44.14 
 
 
367 aa  293  3e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03262  hypothetical protein  44.14 
 
 
367 aa  293  3e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0256  extracellular ligand-binding receptor  44.14 
 
 
367 aa  293  3e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3759  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  44.54 
 
 
367 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3659  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  44.14 
 
 
367 aa  293  3e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3743  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  44.14 
 
 
367 aa  293  3e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0255  Extracellular ligand-binding receptor  44.14 
 
 
367 aa  293  5e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3942  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  44.14 
 
 
367 aa  293  5e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3938  leucine-specific-binding protein  44.54 
 
 
367 aa  292  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4780  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  44.14 
 
 
367 aa  293  5e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3879  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  44.26 
 
 
367 aa  292  7e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  40.87 
 
 
371 aa  292  7e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3836  leucine-specific-binding protein  44.26 
 
 
365 aa  291  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  43.44 
 
 
371 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3769  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  44.26 
 
 
365 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3863  extracellular ligand-binding receptor  45.36 
 
 
366 aa  291  1e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4059  Extracellular ligand-binding receptor  44.12 
 
 
370 aa  291  1e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4775  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  42.78 
 
 
369 aa  291  1e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0257  Extracellular ligand-binding receptor  42.49 
 
 
369 aa  290  2e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3656  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  42.49 
 
 
369 aa  290  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  43.44 
 
 
375 aa  290  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  41.42 
 
 
370 aa  291  2e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0258  extracellular ligand-binding receptor  42.49 
 
 
369 aa  290  2e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3937  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  42.49 
 
 
369 aa  290  2e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3864  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  42.49 
 
 
369 aa  290  2e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  42.86 
 
 
374 aa  290  4e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  44.04 
 
 
367 aa  290  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3861  extracellular ligand-binding receptor  41.93 
 
 
369 aa  289  4e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.18815 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03307  leucine transporter subunit  42.21 
 
 
369 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03260  hypothetical protein  42.21 
 
 
369 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  43.51 
 
 
371 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  42.14 
 
 
372 aa  288  8e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.58 
 
 
374 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3766  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  41.8 
 
 
369 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  42.14 
 
 
372 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  43.24 
 
 
371 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>