More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1927 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
406 aa  805    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  65.99 
 
 
407 aa  562  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  51.76 
 
 
400 aa  453  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  49.75 
 
 
400 aa  416  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  31 
 
 
413 aa  187  3e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  29.71 
 
 
416 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  31.08 
 
 
416 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  28.39 
 
 
417 aa  151  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 
421 aa  149  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 
415 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
434 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  28.24 
 
 
414 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  32.25 
 
 
402 aa  142  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 
418 aa  142  9e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  30.45 
 
 
406 aa  141  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.86 
 
 
401 aa  133  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 
434 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  28.68 
 
 
408 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
414 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 
416 aa  129  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.17 
 
 
385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 
416 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  31.95 
 
 
411 aa  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.92 
 
 
387 aa  124  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
402 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.53 
 
 
381 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 
394 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
383 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
383 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 
381 aa  114  3e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.18 
 
 
383 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 
368 aa  111  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  26.47 
 
 
418 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 
403 aa  109  8.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 
436 aa  108  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
397 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.24 
 
 
403 aa  105  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
407 aa  103  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  28.3 
 
 
368 aa  102  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  27.79 
 
 
368 aa  102  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
373 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3294  ABC transporter substrate binding protein (branched chain amino acid)  27.94 
 
 
368 aa  100  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0602747  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 
375 aa  99.4  9e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  29.23 
 
 
413 aa  99.4  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 
376 aa  99.4  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
368 aa  98.6  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
375 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  29.62 
 
 
388 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
376 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
373 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
373 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 
339 aa  97.8  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  33.05 
 
 
445 aa  97.4  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3685  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
371 aa  97.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28436  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
375 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  29.21 
 
 
376 aa  96.7  6e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
401 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
409 aa  96.3  8e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.65 
 
 
373 aa  96.3  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 
382 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  32.49 
 
 
413 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
367 aa  95.9  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
370 aa  95.1  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.16 
 
 
373 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  26.41 
 
 
371 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
414 aa  94.4  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 
367 aa  94.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
373 aa  94.4  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
383 aa  94.4  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 
382 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
368 aa  93.6  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.73 
 
 
376 aa  93.6  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  28.26 
 
 
389 aa  92.8  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.0284097 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.68 
 
 
382 aa  92.8  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
371 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2615  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
373 aa  92  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  29.41 
 
 
380 aa  91.7  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 
373 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4334  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
368 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
373 aa  92  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2171  extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 
370 aa  91.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  27.49 
 
 
373 aa  92  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.79 
 
 
380 aa  91.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
372 aa  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.82 
 
 
371 aa  91.3  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 
375 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2827  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
458 aa  91.3  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.11004  normal  0.674457 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.82 
 
 
371 aa  91.3  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
400 aa  90.9  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 
382 aa  91.3  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5327  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  26.63 
 
 
372 aa  90.9  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.25236 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
373 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  26.27 
 
 
371 aa  90.9  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
373 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  26.19 
 
 
380 aa  90.5  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.49 
 
 
380 aa  90.5  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.19 
 
 
380 aa  90.5  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.19 
 
 
380 aa  90.5  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.19 
 
 
376 aa  90.1  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 
380 aa  90.1  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>