More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1948 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  85.27 
 
 
414 aa  721    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  93.51 
 
 
416 aa  801    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  88.89 
 
 
414 aa  745    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  93.51 
 
 
416 aa  800    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
415 aa  853    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  68.84 
 
 
416 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  66.91 
 
 
416 aa  587  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  69.14 
 
 
418 aa  559  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  32.46 
 
 
436 aa  242  1e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  35.84 
 
 
417 aa  222  8e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  33.92 
 
 
408 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  31.39 
 
 
434 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2279  extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 
448 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  33.9 
 
 
406 aa  182  9.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2827  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
458 aa  174  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.11004  normal  0.674457 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  32.47 
 
 
402 aa  174  3.9999999999999995e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.64 
 
 
387 aa  163  5.0000000000000005e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
418 aa  161  2e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
421 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
413 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.35 
 
 
403 aa  149  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  28.64 
 
 
407 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.95 
 
 
401 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
402 aa  139  7e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 
401 aa  139  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.54 
 
 
385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.19 
 
 
383 aa  136  8e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 
394 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
406 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  28.43 
 
 
383 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 
400 aa  134  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  28.43 
 
 
383 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 
400 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 
397 aa  121  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 
411 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  28.43 
 
 
407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.79 
 
 
381 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
403 aa  114  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.4 
 
 
396 aa  108  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
381 aa  106  8e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 
339 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.11 
 
 
376 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  25.84 
 
 
417 aa  100  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 
453 aa  100  5e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 
434 aa  100  6e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
409 aa  99  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
406 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 
439 aa  97.8  3e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.26 
 
 
406 aa  97.8  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.26 
 
 
406 aa  97.4  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  24.81 
 
 
459 aa  97.1  5e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
378 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
378 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
378 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 
414 aa  96.3  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25 
 
 
402 aa  95.9  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 
470 aa  95.5  2e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
381 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  26.95 
 
 
378 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
380 aa  94.4  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 
378 aa  93.6  5e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
402 aa  93.6  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
380 aa  93.2  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.61 
 
 
404 aa  92.4  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 
373 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.77 
 
 
373 aa  92  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  27.3 
 
 
368 aa  91.3  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 
460 aa  91.3  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  29.89 
 
 
368 aa  91.3  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  26.97 
 
 
371 aa  91.3  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 
376 aa  91.3  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 
375 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1598  Extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 
414 aa  90.9  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
391 aa  90.9  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
391 aa  90.9  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
380 aa  90.9  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.29 
 
 
376 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.29 
 
 
380 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.29 
 
 
380 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.29 
 
 
380 aa  90.5  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
383 aa  90.5  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
373 aa  90.5  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 
381 aa  90.1  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
373 aa  90.5  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
382 aa  90.1  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
380 aa  89.7  8e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  26.29 
 
 
380 aa  89.7  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.29 
 
 
380 aa  89.7  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.29 
 
 
380 aa  89.7  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  28.63 
 
 
386 aa  89.7  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
404 aa  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 
393 aa  89.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
368 aa  89.4  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
372 aa  88.2  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  25.73 
 
 
404 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
382 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
393 aa  87.8  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
382 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
397 aa  88.2  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1136  twin-arginine translocation pathway signal  24.61 
 
 
414 aa  87.4  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.206863 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>