More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3994 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
339 aa  694    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  51.29 
 
 
397 aa  275  8e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  44.49 
 
 
394 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  35.42 
 
 
402 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  36.25 
 
 
383 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  35 
 
 
383 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  36.25 
 
 
383 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.97 
 
 
381 aa  155  8e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  34.34 
 
 
385 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  34.51 
 
 
381 aa  150  4e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  33.85 
 
 
402 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.16 
 
 
401 aa  137  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  34.41 
 
 
376 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  33.2 
 
 
417 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
373 aa  129  6e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  31.12 
 
 
390 aa  129  6e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.03 
 
 
376 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  33.21 
 
 
374 aa  127  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  31.71 
 
 
434 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.4 
 
 
396 aa  123  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  30.26 
 
 
397 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  30.26 
 
 
397 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  33.46 
 
 
421 aa  122  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  32.93 
 
 
398 aa  122  7e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 
418 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  32.08 
 
 
376 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.52 
 
 
397 aa  119  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3025  extracellular ligand-binding receptor  31.44 
 
 
382 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 
375 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 
397 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  32.3 
 
 
384 aa  117  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
373 aa  117  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  28.78 
 
 
397 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 
408 aa  116  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  30.13 
 
 
394 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.79 
 
 
399 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  33.07 
 
 
402 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  31.76 
 
 
406 aa  114  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  27.14 
 
 
414 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
373 aa  113  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  33.05 
 
 
382 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.47 
 
 
404 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.33 
 
 
378 aa  112  9e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.85 
 
 
380 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  31.5 
 
 
382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  32.52 
 
 
386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
414 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 
379 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  32.26 
 
 
373 aa  109  6e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 
379 aa  109  6e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  25.68 
 
 
416 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 
404 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 
404 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  30 
 
 
392 aa  109  7.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  30.32 
 
 
378 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  30.41 
 
 
407 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 
397 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 
399 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  29.26 
 
 
368 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  29.37 
 
 
377 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  29.69 
 
 
375 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  30.48 
 
 
374 aa  108  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  32.6 
 
 
382 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  28.62 
 
 
372 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  27.87 
 
 
373 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.64 
 
 
387 aa  107  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  29.92 
 
 
393 aa  107  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  28.2 
 
 
373 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  30.66 
 
 
375 aa  107  3e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
373 aa  107  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
381 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
373 aa  107  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  30.28 
 
 
393 aa  107  4e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  30.18 
 
 
382 aa  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  31.58 
 
 
372 aa  107  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  30.8 
 
 
379 aa  107  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
381 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 
393 aa  106  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.17 
 
 
402 aa  106  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.94 
 
 
395 aa  106  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 
386 aa  106  5e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.01 
 
 
406 aa  106  6e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
389 aa  106  6e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.01 
 
 
406 aa  106  7e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  27.27 
 
 
416 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 
384 aa  106  7e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  28.62 
 
 
376 aa  105  8e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  29.03 
 
 
368 aa  105  9e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
395 aa  105  9e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 
415 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
453 aa  105  1e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 
379 aa  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
407 aa  105  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  28.68 
 
 
411 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
400 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  28.15 
 
 
368 aa  104  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
384 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.92 
 
 
379 aa  104  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  32 
 
 
393 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>