More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0090 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  100 
 
 
395 aa  790    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  64.16 
 
 
397 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  64.16 
 
 
397 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  63.64 
 
 
397 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  63.64 
 
 
397 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  64.16 
 
 
397 aa  485  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  64.09 
 
 
399 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2873  extracellular ligand-binding receptor  39.03 
 
 
394 aa  200  5e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.716938  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  29.82 
 
 
383 aa  181  2e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  36.28 
 
 
386 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  34.55 
 
 
376 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  32.59 
 
 
395 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  32.18 
 
 
384 aa  173  3.9999999999999995e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
378 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  35.2 
 
 
386 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  35.2 
 
 
386 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  31.81 
 
 
399 aa  171  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
377 aa  171  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  31.9 
 
 
397 aa  171  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  31.61 
 
 
382 aa  168  2e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.56 
 
 
396 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 
398 aa  166  9e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 
374 aa  165  1.0000000000000001e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  31.5 
 
 
392 aa  165  1.0000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 
419 aa  164  4.0000000000000004e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2361  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.58 
 
 
385 aa  162  1e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.08 
 
 
404 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  31.99 
 
 
402 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  31.17 
 
 
404 aa  159  6e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  30.86 
 
 
404 aa  159  9e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  32.6 
 
 
392 aa  157  3e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  31 
 
 
372 aa  157  3e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
386 aa  155  8e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.57 
 
 
399 aa  153  7e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  31.4 
 
 
371 aa  151  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  31.96 
 
 
372 aa  150  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
375 aa  149  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
393 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  32.52 
 
 
373 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  30.96 
 
 
376 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  32.83 
 
 
382 aa  147  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  31.46 
 
 
386 aa  146  7.0000000000000006e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  30.94 
 
 
377 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 
382 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.2 
 
 
382 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 
401 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  33.14 
 
 
399 aa  145  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 
376 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 
381 aa  144  4e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.09 
 
 
376 aa  144  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  32.52 
 
 
380 aa  144  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  31.36 
 
 
379 aa  143  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  32.21 
 
 
380 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  32.45 
 
 
383 aa  142  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0533  Extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 
393 aa  142  9.999999999999999e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000200352 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1842  extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 
394 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.843132  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  31.14 
 
 
401 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  32.21 
 
 
391 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  32.21 
 
 
391 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  31.42 
 
 
401 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 
400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  32.52 
 
 
380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
396 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 
382 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.21 
 
 
380 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.21 
 
 
380 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  32.52 
 
 
380 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.21 
 
 
380 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.21 
 
 
380 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  32.21 
 
 
380 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.21 
 
 
380 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.21 
 
 
380 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.21 
 
 
376 aa  140  6e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
394 aa  139  7e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3067  Extracellular ligand-binding receptor  32.39 
 
 
374 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 
379 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6110  extracellular ligand-binding receptor  31.45 
 
 
369 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
383 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
379 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
379 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 
384 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 
384 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.21 
 
 
380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.07 
 
 
384 aa  137  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  31.86 
 
 
381 aa  137  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
372 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
384 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 
390 aa  136  8e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  33.99 
 
 
381 aa  136  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
393 aa  135  9e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0937  Extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 
380 aa  135  9e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000952162  normal  0.230854 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
384 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  31.5 
 
 
399 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  29.91 
 
 
393 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  22.53 
 
 
394 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
389 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2254  extracellular ligand-binding receptor  28.62 
 
 
373 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.412845 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 
373 aa  134  3e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  30.85 
 
 
336 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 
392 aa  134  3.9999999999999996e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>