More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1842 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_1842  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
394 aa  798    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.843132  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
383 aa  158  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.9 
 
 
396 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.6 
 
 
399 aa  154  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  31.56 
 
 
397 aa  153  5e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  30.36 
 
 
395 aa  149  6e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 
382 aa  149  9e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  31.68 
 
 
379 aa  144  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  31.35 
 
 
379 aa  143  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  31.35 
 
 
379 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 
376 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  31.35 
 
 
379 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
397 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  31.35 
 
 
379 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
397 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  31.35 
 
 
379 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
397 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.53 
 
 
397 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
398 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2119  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 
376 aa  138  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0937  Extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
380 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000952162  normal  0.230854 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.36 
 
 
375 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.36 
 
 
379 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.69 
 
 
379 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  30.36 
 
 
379 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  30.36 
 
 
379 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  32.23 
 
 
373 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  30.36 
 
 
379 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  30.36 
 
 
379 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  30.36 
 
 
379 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  30.51 
 
 
373 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
371 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.03 
 
 
379 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  31.65 
 
 
382 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
374 aa  135  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
373 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  27.84 
 
 
377 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3401  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 
381 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
376 aa  134  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  29.59 
 
 
373 aa  133  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  30.33 
 
 
375 aa  133  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 
382 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.31 
 
 
382 aa  133  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.3 
 
 
371 aa  133  6.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.3 
 
 
371 aa  133  6.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2197  extracellular ligand-binding receptor  28.79 
 
 
376 aa  132  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.974618 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 
372 aa  132  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
382 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  31.66 
 
 
376 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  29.73 
 
 
374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  29.9 
 
 
383 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  30.93 
 
 
371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
378 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
378 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 
371 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1863  Extracellular ligand-binding receptor  31.58 
 
 
814 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.190846  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
404 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3067  Extracellular ligand-binding receptor  29.85 
 
 
374 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 
371 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  27.9 
 
 
399 aa  130  4.0000000000000003e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
376 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.25 
 
 
395 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3488  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 
383 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  30.06 
 
 
373 aa  129  7.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
404 aa  129  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 
368 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
376 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  28.43 
 
 
392 aa  129  1.0000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  28.91 
 
 
370 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
371 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
374 aa  128  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 
376 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1676  extracellular ligand-binding receptor  29.69 
 
 
370 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000661006  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  31.6 
 
 
375 aa  128  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 
381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 
392 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
378 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0569  Extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 
364 aa  127  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.783749  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
392 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  29.34 
 
 
371 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
392 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2037  extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 
403 aa  127  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.80961 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  29.07 
 
 
370 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 
375 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.25 
 
 
391 aa  127  4.0000000000000003e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3860  extracellular ligand-binding receptor  33.48 
 
 
381 aa  127  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470803  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.35 
 
 
404 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  29.47 
 
 
402 aa  125  9e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
378 aa  125  1e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.92 
 
 
374 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.51 
 
 
428 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
377 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1940  putative secreted substrate binding protein  28.9 
 
 
375 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0532415 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0110  Extracellular ligand-binding receptor  26.38 
 
 
380 aa  125  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0371  extracellular ligand-binding receptor  32.29 
 
 
383 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  28.62 
 
 
381 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
375 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 
384 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  32.61 
 
 
372 aa  124  4e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>