More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3170 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  91.6 
 
 
377 aa  707    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  98.43 
 
 
381 aa  759    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
381 aa  771    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  76.86 
 
 
383 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3488  extracellular ligand-binding receptor  75.27 
 
 
383 aa  569  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5665  extracellular ligand-binding receptor  76.6 
 
 
380 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  69.81 
 
 
379 aa  524  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  69.81 
 
 
379 aa  525  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  70.08 
 
 
379 aa  523  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  70.35 
 
 
379 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  70.35 
 
 
379 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  70.35 
 
 
379 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  69.54 
 
 
379 aa  520  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  69.81 
 
 
375 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  69.81 
 
 
379 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  67.63 
 
 
382 aa  518  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  69.81 
 
 
379 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  69.81 
 
 
379 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  70.35 
 
 
379 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  70.35 
 
 
379 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  69.81 
 
 
379 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  70.35 
 
 
379 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  67.81 
 
 
382 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  67.11 
 
 
382 aa  514  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  58.9 
 
 
378 aa  474  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  58.38 
 
 
392 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  58.38 
 
 
392 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  58.38 
 
 
392 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  58.38 
 
 
378 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  58.38 
 
 
378 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  57.85 
 
 
428 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  51.73 
 
 
371 aa  394  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  53.39 
 
 
460 aa  378  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  51.42 
 
 
400 aa  359  4e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  51.41 
 
 
401 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2553  extracellular ligand-binding receptor  48.35 
 
 
386 aa  355  8.999999999999999e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  47.76 
 
 
381 aa  354  1e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  51.13 
 
 
401 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  48.33 
 
 
388 aa  353  4e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  48.06 
 
 
388 aa  352  7e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.23 
 
 
402 aa  352  7e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  46.97 
 
 
381 aa  351  1e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  49.44 
 
 
401 aa  348  1e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  47.88 
 
 
375 aa  346  3e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.42 
 
 
380 aa  346  4e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  50.42 
 
 
376 aa  346  4e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.42 
 
 
380 aa  346  4e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  50.42 
 
 
380 aa  346  4e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.42 
 
 
380 aa  346  4e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.42 
 
 
380 aa  346  4e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  50.14 
 
 
380 aa  346  4e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.42 
 
 
380 aa  346  4e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  48.28 
 
 
378 aa  344  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.42 
 
 
377 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  51.94 
 
 
336 aa  343  4e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.14 
 
 
380 aa  342  5e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.14 
 
 
380 aa  342  5e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  50.14 
 
 
372 aa  342  5e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.14 
 
 
380 aa  342  5e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  50.14 
 
 
380 aa  342  5e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  50.14 
 
 
380 aa  342  5e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  49.43 
 
 
399 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  49.29 
 
 
380 aa  342  8e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4492  extracellular ligand-binding receptor  46.35 
 
 
388 aa  342  9e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
401 aa  340  2e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  49.01 
 
 
380 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  47.52 
 
 
380 aa  339  5e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  48.68 
 
 
376 aa  339  5.9999999999999996e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.22 
 
 
388 aa  338  8e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.446451  normal  0.512532 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  48.73 
 
 
380 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  48.16 
 
 
376 aa  337  1.9999999999999998e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.14 
 
 
383 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3428  extracellular ligand-binding receptor  46.67 
 
 
388 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  49.01 
 
 
383 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  48.74 
 
 
381 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4095  extracellular ligand-binding receptor  46.67 
 
 
388 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4271  extracellular ligand-binding receptor  46.67 
 
 
388 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1940  putative secreted substrate binding protein  49.44 
 
 
375 aa  335  9e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0532415 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.44 
 
 
380 aa  335  9e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  47.01 
 
 
393 aa  334  1e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  48.95 
 
 
376 aa  334  2e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1548  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  45.66 
 
 
408 aa  333  3e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2119  extracellular ligand-binding receptor  48.31 
 
 
376 aa  333  3e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3159  extracellular ligand-binding receptor  50.14 
 
 
376 aa  333  4e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  46.93 
 
 
399 aa  332  5e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  48.73 
 
 
384 aa  332  8e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  46.32 
 
 
383 aa  332  8e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  45.53 
 
 
383 aa  332  1e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.58 
 
 
399 aa  332  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  48.16 
 
 
380 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  45.45 
 
 
382 aa  331  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  48.16 
 
 
391 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  48.16 
 
 
391 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  48.84 
 
 
398 aa  330  3e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  46.34 
 
 
382 aa  330  3e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  48.16 
 
 
384 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  48.16 
 
 
384 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  47.63 
 
 
384 aa  329  6e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6456  extracellular ligand-binding receptor  46.32 
 
 
383 aa  328  8e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  0.286463 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  48.44 
 
 
384 aa  328  9e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>