More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3510 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  81.94 
 
 		 372 aa  637    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  100 
 
 		 371 aa  749    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  80.22 
 
 		 373 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3067  Extracellular ligand-binding receptor  79.62 
 
 		 374 aa  578  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  73.05 
 
 		 371 aa  565  1e-160  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  70.89 
 
 		 371 aa  558  1e-158  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  70.89 
 
 		 371 aa  558  1e-158  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  66.49 
 
 		 372 aa  499  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  65.5 
 
 		 375 aa  499  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1782  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  64.86 
 
 		 371 aa  496  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1118  extracellular ligand-binding receptor  64.32 
 
 		 371 aa  484  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.0000205251  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  61.13 
 
 		 372 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  63.22 
 
 		 388 aa  462  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2254  extracellular ligand-binding receptor  62.53 
 
 		 373 aa  457  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.412845 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1774  extracellular ligand-binding receptor  60.4 
 
 		 377 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.110922  normal  0.433234 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  59.03 
 
 		 368 aa  432  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5327  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  54.18 
 
 		 372 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.25236 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2615  extracellular ligand-binding receptor  52.83 
 
 		 373 aa  397  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3685  extracellular ligand-binding receptor  52.56 
 
 		 371 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1618  extracellular ligand-binding receptor  53.64 
 
 		 371 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.64009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1775  extracellular ligand-binding receptor  52.83 
 
 		 370 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.915027  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  55.28 
 
 		 413 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  54.2 
 
 		 371 aa  388  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3328  extracellular ligand-binding receptor  54.3 
 
 		 366 aa  390  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2213  extracellular ligand-binding receptor  50.94 
 
 		 371 aa  382  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.650544 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  55.01 
 
 		 374 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  53.08 
 
 		 370 aa  379  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4334  Extracellular ligand-binding receptor  52.82 
 
 		 368 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  54.01 
 
 		 378 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  54.01 
 
 		 378 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  53.74 
 
 		 378 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  52.15 
 
 		 372 aa  372  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  54.2 
 
 		 373 aa  373  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  53.74 
 
 		 378 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5391  Extracellular ligand-binding receptor  54.2 
 
 		 417 aa  370  1e-101  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.59544  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0569  Extracellular ligand-binding receptor  52.72 
 
 		 364 aa  367  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.783749  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  49.45 
 
 		 368 aa  358  9e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0552  extracellular ligand-binding receptor  52.28 
 
 		 377 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0988947  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  49.56 
 
 		 364 aa  351  1e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4919  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.33 
 
 		 380 aa  348  1e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  47.24 
 
 		 368 aa  346  5e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4698  extracellular ligand-binding receptor  46.81 
 
 		 366 aa  346  5e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.026016  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  46.69 
 
 		 368 aa  342  5e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  46.69 
 
 		 368 aa  340  2e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  47.45 
 
 		 374 aa  340  2.9999999999999998e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0597  extracellular ligand-binding receptor  50.27 
 
 		 378 aa  339  4e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3294  ABC transporter substrate binding protein (branched chain amino acid)  49.26 
 
 		 368 aa  333  2e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0602747  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  46.02 
 
 		 367 aa  318  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2171  extracellular ligand-binding receptor  47.24 
 
 		 370 aa  316  4e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  45.45 
 
 		 367 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  44.54 
 
 		 373 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  45.38 
 
 		 375 aa  300  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  43.42 
 
 		 373 aa  298  9e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.88 
 
 		 374 aa  290  3e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  43.96 
 
 		 371 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  45.54 
 
 		 372 aa  289  6e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1935  Extracellular ligand-binding receptor  41.21 
 
 		 375 aa  288  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.24 
 
 		 399 aa  288  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  45.24 
 
 		 372 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  45.24 
 
 		 372 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  45.24 
 
 		 372 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  44.94 
 
 		 372 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  43.58 
 
 		 370 aa  286  5e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  44.67 
 
 		 373 aa  285  8e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  44.1 
 
 		 375 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  44.64 
 
 		 372 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  43.77 
 
 		 374 aa  281  9e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  42.54 
 
 		 371 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  42.54 
 
 		 371 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  43.45 
 
 		 371 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  43.45 
 
 		 371 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  43.45 
 
 		 371 aa  279  5e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  42.73 
 
 		 373 aa  279  7e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  42.27 
 
 		 371 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2757  Extracellular ligand-binding receptor  42.52 
 
 		 374 aa  276  3e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1870  extracellular ligand-binding receptor  44.35 
 
 		 358 aa  276  4e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0220738 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  43.45 
 
 		 371 aa  276  5e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2534  extracellular ligand-binding receptor  42.23 
 
 		 374 aa  275  7e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  41.99 
 
 		 371 aa  275  8e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3766  extracellular ligand-binding receptor  40.16 
 
 		 378 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.760049 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3863  extracellular ligand-binding receptor  44.35 
 
 		 366 aa  273  3e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0326  extracellular ligand-binding receptor  41.25 
 
 		 362 aa  273  3e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.169936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0098  Extracellular ligand-binding receptor  42.74 
 
 		 370 aa  271  2e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0988  Extracellular ligand-binding receptor  38.84 
 
 		 371 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0919893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  42.57 
 
 		 373 aa  269  8e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0257  Extracellular ligand-binding receptor  41.94 
 
 		 369 aa  267  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3864  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  41.94 
 
 		 369 aa  267  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1054  extracellular ligand-binding receptor  38.11 
 
 		 370 aa  268  2e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.145597 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4775  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  41.94 
 
 		 369 aa  267  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0258  extracellular ligand-binding receptor  41.94 
 
 		 369 aa  267  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3937  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  41.94 
 
 		 369 aa  267  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3656  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  41.94 
 
 		 369 aa  267  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03307  leucine transporter subunit  41.67 
 
 		 369 aa  266  4e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03260  hypothetical protein  41.67 
 
 		 369 aa  266  4e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0104  Extracellular ligand-binding receptor  42.36 
 
 		 370 aa  266  4e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2462  Extracellular ligand-binding receptor  42.01 
 
 		 373 aa  265  8.999999999999999e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.109923 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3740  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic leucine-specific-binding protein LivK  41.67 
 
 		 369 aa  265  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1184  Extracellular ligand-binding receptor  37.84 
 
 		 370 aa  263  3e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  43.35 
 
 		 367 aa  262  8e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0255  Extracellular ligand-binding receptor  43.35 
 
 		 367 aa  261  1e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>