More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4669 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  96.3 
 
 
392 aa  743    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  96.3 
 
 
428 aa  742    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  96.03 
 
 
378 aa  744    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  96.03 
 
 
392 aa  742    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  96.03 
 
 
392 aa  742    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
378 aa  764    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
378 aa  764    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  60.11 
 
 
379 aa  478  1e-134  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  60.11 
 
 
375 aa  478  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  60.11 
 
 
379 aa  478  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  60.11 
 
 
379 aa  478  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  60.11 
 
 
379 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  60.11 
 
 
379 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  60.11 
 
 
379 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  58.51 
 
 
379 aa  474  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  58.78 
 
 
379 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  58.78 
 
 
379 aa  472  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  59.57 
 
 
379 aa  471  1e-132  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  58.78 
 
 
379 aa  471  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  58.78 
 
 
379 aa  471  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  58.78 
 
 
379 aa  471  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  58.24 
 
 
379 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  58.24 
 
 
382 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  58.84 
 
 
377 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  56.96 
 
 
381 aa  463  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  58.77 
 
 
381 aa  458  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  56.53 
 
 
382 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  56.27 
 
 
382 aa  457  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5665  extracellular ligand-binding receptor  59.54 
 
 
380 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  56.03 
 
 
383 aa  441  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3488  extracellular ligand-binding receptor  56.82 
 
 
383 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  52.94 
 
 
371 aa  380  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  48.83 
 
 
382 aa  348  1e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  46.9 
 
 
382 aa  347  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  48.94 
 
 
382 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  48.4 
 
 
382 aa  345  5e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.3 
 
 
515 aa  338  9e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  47.71 
 
 
382 aa  338  9e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  46.93 
 
 
383 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  47.52 
 
 
382 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  44.13 
 
 
460 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  47.52 
 
 
461 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  47.52 
 
 
461 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  47.45 
 
 
383 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6456  extracellular ligand-binding receptor  47.16 
 
 
383 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  0.286463 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4271  extracellular ligand-binding receptor  45.62 
 
 
388 aa  328  7e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4095  extracellular ligand-binding receptor  45.62 
 
 
388 aa  328  7e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3416  extracellular ligand-binding receptor  46.92 
 
 
383 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.31 
 
 
383 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3428  extracellular ligand-binding receptor  46.78 
 
 
388 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  45.21 
 
 
375 aa  327  2.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  46.35 
 
 
388 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  46.92 
 
 
383 aa  327  3e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  46.07 
 
 
388 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  46.87 
 
 
467 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2553  extracellular ligand-binding receptor  45.22 
 
 
386 aa  326  5e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5152  extracellular ligand-binding receptor  46.38 
 
 
383 aa  324  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.482519  normal  0.580615 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.78 
 
 
388 aa  324  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.446451  normal  0.512532 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  45.61 
 
 
383 aa  322  5e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  44.8 
 
 
376 aa  322  5e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4492  extracellular ligand-binding receptor  45.14 
 
 
388 aa  322  6e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  47.46 
 
 
398 aa  321  9.999999999999999e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2434  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.59 
 
 
382 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00891241  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2846  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.59 
 
 
382 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  46.59 
 
 
382 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2747  putative periplasmic substrate-binding protein  46.59 
 
 
382 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312608  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1756  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.59 
 
 
382 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0548138  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1435  extracellular ligand-binding receptor  46.67 
 
 
383 aa  319  5e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0735342  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  46.51 
 
 
376 aa  318  1e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  46.32 
 
 
382 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2866  periplasmic ligand binding lipoprotein  46.59 
 
 
662 aa  317  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.691628  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4954  extracellular ligand-binding receptor  46.99 
 
 
376 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0182124 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  47.49 
 
 
400 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  44.88 
 
 
380 aa  313  2.9999999999999996e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2678  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.18 
 
 
383 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.68 
 
 
402 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5315  extracellular ligand-binding receptor  47.23 
 
 
599 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.568135 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  43.42 
 
 
381 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  45.3 
 
 
376 aa  312  6.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3052  extracellular ligand-binding receptor  46.7 
 
 
376 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.5 
 
 
380 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.5 
 
 
380 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.5 
 
 
380 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  46.5 
 
 
372 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  46.5 
 
 
380 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.5 
 
 
380 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1548  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  45.2 
 
 
408 aa  311  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  45.66 
 
 
378 aa  310  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  43.16 
 
 
381 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3474  extracellular ligand-binding receptor  46.11 
 
 
383 aa  308  9e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4047  extracellular ligand-binding receptor  46.11 
 
 
383 aa  308  9e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  45.66 
 
 
401 aa  308  1.0000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  43.44 
 
 
380 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3159  extracellular ligand-binding receptor  44.62 
 
 
376 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  45.3 
 
 
376 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.89 
 
 
377 aa  307  3e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.3 
 
 
380 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.3 
 
 
380 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.3 
 
 
380 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  45.01 
 
 
380 aa  305  6e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>