More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3416 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3416  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
383 aa  772    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4047  extracellular ligand-binding receptor  95.56 
 
 
383 aa  695    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2678  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  96.08 
 
 
383 aa  702    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  98.96 
 
 
383 aa  768    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3474  extracellular ligand-binding receptor  95.56 
 
 
383 aa  695    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5152  extracellular ligand-binding receptor  91.91 
 
 
383 aa  693    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.482519  normal  0.580615 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  60.73 
 
 
383 aa  481  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  59.69 
 
 
383 aa  472  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0065  Extracellular ligand-binding receptor  64.77 
 
 
392 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  60.37 
 
 
382 aa  462  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  60 
 
 
382 aa  461  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  60.26 
 
 
382 aa  461  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  59.47 
 
 
382 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2866  periplasmic ligand binding lipoprotein  61.67 
 
 
662 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.691628  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  61.94 
 
 
467 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  59.47 
 
 
461 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  59.47 
 
 
461 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  61.67 
 
 
382 aa  457  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1756  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.67 
 
 
382 aa  457  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0548138  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2434  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.67 
 
 
382 aa  457  1e-127  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00891241  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  59.47 
 
 
515 aa  457  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6859  extracellular ligand-binding receptor  62.25 
 
 
382 aa  455  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278676  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2747  putative periplasmic substrate-binding protein  61.67 
 
 
382 aa  457  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312608  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  61.39 
 
 
382 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2846  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  61.67 
 
 
382 aa  457  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  58.13 
 
 
382 aa  441  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4808  extracellular ligand-binding receptor  58.31 
 
 
382 aa  433  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  49.04 
 
 
371 aa  363  3e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  48.68 
 
 
379 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  48.42 
 
 
379 aa  354  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  48.42 
 
 
379 aa  354  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  48.42 
 
 
379 aa  354  1e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  48.16 
 
 
379 aa  354  1e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  48.42 
 
 
379 aa  354  2e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  48.16 
 
 
379 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  48.16 
 
 
379 aa  352  5e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  48.16 
 
 
379 aa  352  5e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.16 
 
 
379 aa  352  5e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  48.4 
 
 
375 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.89 
 
 
379 aa  351  1e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  48.42 
 
 
379 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  48.42 
 
 
379 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  48.42 
 
 
379 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  49.32 
 
 
383 aa  346  4e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2553  extracellular ligand-binding receptor  49.01 
 
 
386 aa  344  1e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  48.54 
 
 
382 aa  343  4e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6456  extracellular ligand-binding receptor  49.71 
 
 
383 aa  342  5e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  0.286463 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4492  extracellular ligand-binding receptor  47.83 
 
 
388 aa  342  5e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3428  extracellular ligand-binding receptor  47.28 
 
 
388 aa  342  7e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  48.01 
 
 
382 aa  341  1e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  49.14 
 
 
460 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4271  extracellular ligand-binding receptor  47.28 
 
 
388 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4095  extracellular ligand-binding receptor  47.28 
 
 
388 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.67 
 
 
382 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.78 
 
 
388 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.446451  normal  0.512532 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1435  extracellular ligand-binding receptor  49.32 
 
 
383 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0735342  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  47.29 
 
 
388 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  49.85 
 
 
401 aa  335  5.999999999999999e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  46.92 
 
 
392 aa  335  7e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  47.01 
 
 
388 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  46.65 
 
 
392 aa  335  9e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  46.65 
 
 
392 aa  335  9e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  46.92 
 
 
378 aa  334  1e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  46.92 
 
 
378 aa  334  1e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  47.57 
 
 
382 aa  333  3e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.11 
 
 
428 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  49.56 
 
 
401 aa  332  9e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  46.65 
 
 
378 aa  331  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  49.29 
 
 
398 aa  330  2e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  46.77 
 
 
381 aa  330  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  46.76 
 
 
383 aa  329  4e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  46.51 
 
 
381 aa  329  4e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  46.97 
 
 
383 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  47.92 
 
 
376 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5665  extracellular ligand-binding receptor  46.5 
 
 
380 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.63 
 
 
402 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  47.81 
 
 
401 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  45.01 
 
 
393 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  48.09 
 
 
400 aa  325  9e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  48.25 
 
 
399 aa  325  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3488  extracellular ligand-binding receptor  47.56 
 
 
383 aa  324  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  49.71 
 
 
380 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.71 
 
 
380 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  49.71 
 
 
372 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.71 
 
 
380 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.71 
 
 
380 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  49.71 
 
 
380 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2121  outative extracellular ligand binding protein  45.77 
 
 
405 aa  320  3e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0914412  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1959  putative transporter, periplasmic substrate-binding protein  45.77 
 
 
405 aa  320  3e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  45.15 
 
 
382 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  48.25 
 
 
376 aa  319  5e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.25 
 
 
380 aa  319  6e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.25 
 
 
380 aa  319  6e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.25 
 
 
380 aa  319  6e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  47.95 
 
 
380 aa  318  7e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  46.54 
 
 
376 aa  318  9e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  48.25 
 
 
380 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1548  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  45.87 
 
 
408 aa  318  1e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.25 
 
 
380 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.25 
 
 
380 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>