More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2873 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2873  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
394 aa  781    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.716938  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  37.43 
 
 
397 aa  210  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  37.43 
 
 
397 aa  210  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  36.65 
 
 
397 aa  205  9e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.04 
 
 
399 aa  205  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  37.7 
 
 
397 aa  204  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.65 
 
 
397 aa  204  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  31.17 
 
 
386 aa  190  5e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.95 
 
 
395 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 
383 aa  176  6e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  30.32 
 
 
397 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  30.32 
 
 
395 aa  161  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.46 
 
 
396 aa  151  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  31.91 
 
 
402 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  31.19 
 
 
404 aa  150  6e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.19 
 
 
404 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  30.89 
 
 
404 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
384 aa  147  3e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 
374 aa  142  9e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  30.92 
 
 
382 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.09 
 
 
376 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  27.91 
 
 
378 aa  137  4e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2361  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.01 
 
 
385 aa  136  5e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
371 aa  136  5e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
390 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 
394 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 
376 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 
380 aa  127  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
380 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
398 aa  127  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  28.94 
 
 
391 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  28.94 
 
 
391 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  28.94 
 
 
380 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.55 
 
 
380 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  29.8 
 
 
380 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
387 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.67 
 
 
376 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  30.67 
 
 
380 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.67 
 
 
380 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.67 
 
 
380 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.67 
 
 
380 aa  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.67 
 
 
380 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.67 
 
 
380 aa  125  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  24.67 
 
 
419 aa  124  3e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.17 
 
 
399 aa  124  4e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 
381 aa  123  6e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
396 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.06 
 
 
380 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 
389 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
405 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0770  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.78 
 
 
369 aa  120  3.9999999999999996e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.132066  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 
379 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  24.48 
 
 
389 aa  120  4.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0562  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
385 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.419655  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1037  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.49 
 
 
369 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.148346  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1162  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.49 
 
 
369 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.438916  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.37 
 
 
384 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5686  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
412 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 
384 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
384 aa  116  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 
384 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 
381 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 
399 aa  114  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.25 
 
 
379 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
381 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
379 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 
386 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
399 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
387 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 
384 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.65 
 
 
402 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
384 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
384 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
376 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
379 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 
386 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1082  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
393 aa  113  5e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3025  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
382 aa  113  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 
396 aa  113  7.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
379 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 
390 aa  112  8.000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0937  Extracellular ligand-binding receptor  26 
 
 
380 aa  112  9e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000952162  normal  0.230854 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  27.74 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  27.74 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 
380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  27.74 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  27.74 
 
 
379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.74 
 
 
375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 
382 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0701  Extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0183935  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  29.88 
 
 
384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  24.01 
 
 
373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  27.74 
 
 
379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.74 
 
 
379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0475  Extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000158967  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  22.43 
 
 
375 aa  110  4.0000000000000004e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 
386 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>