More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0067 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
376 aa  739    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  65.08 
 
 
378 aa  479  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  66.2 
 
 
377 aa  474  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  51.37 
 
 
386 aa  295  6e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  51.37 
 
 
386 aa  295  6e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  51.11 
 
 
386 aa  295  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  39.32 
 
 
393 aa  216  5e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  38.86 
 
 
392 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1211  Extracellular ligand-binding receptor  35.15 
 
 
390 aa  193  4e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.391251  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0718  Extracellular ligand-binding receptor  36.84 
 
 
412 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.19 
 
 
404 aa  188  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  35.41 
 
 
404 aa  189  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0465  extracellular ligand-binding receptor  33.23 
 
 
416 aa  187  2e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0898027  normal  0.196528 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  35.13 
 
 
404 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0717  Extracellular ligand-binding receptor  30.96 
 
 
413 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.726528  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.87 
 
 
399 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  33.81 
 
 
402 aa  175  9e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  34.49 
 
 
397 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.49 
 
 
397 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  34.18 
 
 
397 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  34.18 
 
 
397 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  34.81 
 
 
397 aa  167  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  35.23 
 
 
399 aa  165  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.91 
 
 
396 aa  161  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  32.96 
 
 
394 aa  161  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  34.19 
 
 
398 aa  161  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  30.88 
 
 
395 aa  160  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0735  extracellular ligand-binding receptor  31.65 
 
 
385 aa  161  2e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 
376 aa  160  3e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  30.88 
 
 
396 aa  160  5e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2496  branched-chain amino-acid ABC transport system periplasmic binding protein  32.55 
 
 
399 aa  158  2e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.106087  hitchhiker  0.00162568 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  29.91 
 
 
397 aa  157  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.57 
 
 
395 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
374 aa  155  8e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 
381 aa  155  1e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 
419 aa  148  2.0000000000000003e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0714  Extracellular ligand-binding receptor  27.81 
 
 
395 aa  146  6e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
384 aa  145  9e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.83 
 
 
376 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.88 
 
 
395 aa  144  3e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.32 
 
 
399 aa  143  4e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
382 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  30.45 
 
 
379 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
385 aa  140  3e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
373 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
387 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  29.82 
 
 
405 aa  137  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 
396 aa  136  7.000000000000001e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.67 
 
 
378 aa  135  9e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.37 
 
 
380 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
389 aa  135  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 
379 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  30.34 
 
 
392 aa  133  5e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0562  extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 
385 aa  132  9e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.419655  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
393 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
375 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  29.27 
 
 
381 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  32.07 
 
 
396 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
380 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  32.76 
 
 
392 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 
379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  30.49 
 
 
382 aa  127  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  32.1 
 
 
384 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 
386 aa  126  5e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  31.07 
 
 
379 aa  127  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  29.91 
 
 
393 aa  126  7e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 
389 aa  125  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 
382 aa  124  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 
396 aa  124  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 
397 aa  124  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
381 aa  124  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
379 aa  123  6e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
396 aa  122  9e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
370 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
376 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  30.26 
 
 
383 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 
383 aa  121  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
381 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 
394 aa  119  7e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  30.13 
 
 
383 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
379 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
379 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 
390 aa  117  3e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
383 aa  117  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
380 aa  117  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
392 aa  117  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
388 aa  117  3e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 
414 aa  117  5e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
378 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  28.39 
 
 
395 aa  116  6.9999999999999995e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  26.5 
 
 
391 aa  116  7.999999999999999e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
400 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2263  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
369 aa  115  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0102579  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
405 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1676  extracellular ligand-binding receptor  29.9 
 
 
370 aa  114  3e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000661006  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  30.88 
 
 
386 aa  114  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  30.47 
 
 
406 aa  114  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2873  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
394 aa  113  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.716938  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
391 aa  113  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>