More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01985 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  100 
 
 
386 aa  771    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  94.56 
 
 
386 aa  683    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  94.56 
 
 
386 aa  683    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  50.27 
 
 
377 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  47.31 
 
 
378 aa  318  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  51.1 
 
 
376 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  41.18 
 
 
392 aa  271  1e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  36.62 
 
 
393 aa  216  8e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0465  extracellular ligand-binding receptor  36.08 
 
 
416 aa  192  6e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0898027  normal  0.196528 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1211  Extracellular ligand-binding receptor  36.26 
 
 
390 aa  190  4e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.391251  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0717  Extracellular ligand-binding receptor  34.29 
 
 
413 aa  189  5e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.726528  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0718  Extracellular ligand-binding receptor  35.76 
 
 
412 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.31 
 
 
396 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  32.78 
 
 
397 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.54 
 
 
397 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0735  extracellular ligand-binding receptor  38.34 
 
 
385 aa  180  4e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  36.36 
 
 
376 aa  179  4.999999999999999e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  32.92 
 
 
397 aa  179  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  33.23 
 
 
397 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  32.92 
 
 
397 aa  179  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  31.59 
 
 
395 aa  177  4e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.75 
 
 
399 aa  176  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
397 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.08 
 
 
399 aa  171  2e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.07 
 
 
395 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  33.94 
 
 
399 aa  166  6.9999999999999995e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  33.15 
 
 
404 aa  166  9e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  34.64 
 
 
402 aa  166  9e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  31.79 
 
 
396 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.61 
 
 
376 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 
374 aa  162  7e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0714  Extracellular ligand-binding receptor  31.29 
 
 
395 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  32.88 
 
 
404 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  31.85 
 
 
382 aa  160  3e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  35.62 
 
 
398 aa  160  4e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  32.6 
 
 
404 aa  159  6e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
419 aa  159  6e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2496  branched-chain amino-acid ABC transport system periplasmic binding protein  31.69 
 
 
399 aa  159  1e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.106087  hitchhiker  0.00162568 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0533  Extracellular ligand-binding receptor  31 
 
 
393 aa  157  2e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000200352 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  33.05 
 
 
376 aa  158  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  31.76 
 
 
390 aa  157  3e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  31.94 
 
 
389 aa  157  4e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  32.7 
 
 
381 aa  157  4e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 
393 aa  156  6e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  31.96 
 
 
375 aa  154  2e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  31.23 
 
 
392 aa  153  4e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  32.2 
 
 
405 aa  153  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.33 
 
 
395 aa  152  1e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
390 aa  152  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  34.97 
 
 
391 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 
384 aa  144  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  32.85 
 
 
394 aa  145  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 
389 aa  140  4.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  32.1 
 
 
394 aa  139  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  30.17 
 
 
386 aa  137  4e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  31.96 
 
 
389 aa  136  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  35.85 
 
 
391 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  35.85 
 
 
391 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  35.85 
 
 
380 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.61 
 
 
402 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
383 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  33.61 
 
 
381 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  34.73 
 
 
380 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  34.73 
 
 
380 aa  132  9e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0610  Extracellular ligand-binding receptor  31.44 
 
 
378 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  33.89 
 
 
381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.11 
 
 
388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  35.29 
 
 
380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  33.01 
 
 
382 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  30.9 
 
 
394 aa  130  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.73 
 
 
384 aa  131  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  32.02 
 
 
392 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  30.56 
 
 
405 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4646  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
384 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  30.15 
 
 
400 aa  130  5.0000000000000004e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  33.13 
 
 
384 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  33.13 
 
 
384 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
373 aa  129  6e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.23 
 
 
380 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.94 
 
 
405 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  32.19 
 
 
407 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.43 
 
 
376 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.43 
 
 
380 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.43 
 
 
380 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  33.93 
 
 
384 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
387 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.43 
 
 
380 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 
394 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.43 
 
 
380 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.43 
 
 
380 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  33.43 
 
 
380 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
392 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  31.03 
 
 
391 aa  128  2.0000000000000002e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  32.5 
 
 
393 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 
386 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  31.94 
 
 
384 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 
380 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  33.13 
 
 
384 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>