More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0645 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
386 aa  777    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  79.06 
 
 
382 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  78.57 
 
 
382 aa  585  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.97 
 
 
376 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  31.27 
 
 
397 aa  145  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  32.61 
 
 
371 aa  144  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  32.19 
 
 
378 aa  144  3e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  34.62 
 
 
378 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  30.72 
 
 
394 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  34.29 
 
 
396 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  30.66 
 
 
393 aa  138  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0834  extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 
373 aa  139  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  31.65 
 
 
381 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 
395 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  32.76 
 
 
377 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
374 aa  134  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
376 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  30.66 
 
 
376 aa  133  6e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 
373 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  32.08 
 
 
417 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  31.71 
 
 
402 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  32.25 
 
 
378 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  31.79 
 
 
404 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  29.67 
 
 
376 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 
376 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  30.9 
 
 
394 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  32.82 
 
 
383 aa  128  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  29.88 
 
 
373 aa  127  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 
405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
396 aa  126  6e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  29.28 
 
 
389 aa  126  6e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.0284097 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.6 
 
 
401 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
383 aa  125  9e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 
400 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 
403 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.99 
 
 
405 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 
394 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
382 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
376 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
394 aa  124  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 
382 aa  123  5e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  30.64 
 
 
372 aa  123  5e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  28.38 
 
 
396 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
396 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  32.08 
 
 
373 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  28.78 
 
 
399 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 
399 aa  118  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 
396 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.97 
 
 
397 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  32.05 
 
 
375 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  34.21 
 
 
371 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
406 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  31.27 
 
 
376 aa  116  5e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3025  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 
382 aa  117  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  31.16 
 
 
370 aa  116  5e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  31.43 
 
 
373 aa  117  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
396 aa  116  6e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
398 aa  116  6e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 
395 aa  116  6e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4060  extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 
400 aa  116  7.999999999999999e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  34.62 
 
 
400 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
397 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  30.26 
 
 
386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  30.36 
 
 
392 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  29.82 
 
 
384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
393 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0569  Extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.783749  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 
379 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
397 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  30.47 
 
 
392 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 
393 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  29.66 
 
 
373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 
397 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.79 
 
 
374 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1842  extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 
394 aa  114  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.843132  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3964  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
405 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  29.91 
 
 
370 aa  114  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 
374 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
392 aa  113  5e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 
390 aa  113  6e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
412 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 
397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 
397 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  29.76 
 
 
384 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  29.54 
 
 
373 aa  112  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6110  extracellular ligand-binding receptor  28.94 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4471  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  27.74 
 
 
409 aa  111  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 
397 aa  111  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 
406 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.72 
 
 
399 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 
397 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  32.39 
 
 
339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.3 
 
 
392 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>