More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_5696 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
382 aa  768    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  89.79 
 
 
382 aa  670    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  79.06 
 
 
386 aa  612  9.999999999999999e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.13 
 
 
376 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 
371 aa  143  5e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  33.85 
 
 
378 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  32.03 
 
 
381 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 
376 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  30.62 
 
 
376 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  30.84 
 
 
382 aa  132  9e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  31.9 
 
 
377 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.86 
 
 
396 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  33.81 
 
 
378 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  29.62 
 
 
383 aa  126  7e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 
372 aa  126  8.000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
376 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
376 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 
374 aa  125  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  30.71 
 
 
378 aa  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  28.78 
 
 
376 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
394 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
394 aa  124  3e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
373 aa  124  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  26.19 
 
 
397 aa  124  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  31.25 
 
 
373 aa  123  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 
404 aa  123  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
389 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  31.43 
 
 
382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
373 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 
399 aa  121  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
396 aa  120  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
417 aa  120  4.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  30.37 
 
 
402 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  28.77 
 
 
389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.0284097 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  29.36 
 
 
393 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  29.36 
 
 
394 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1469  extracellular ligand-binding receptor  29.58 
 
 
370 aa  118  1.9999999999999998e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000103418  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  30.41 
 
 
398 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0834  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 
373 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.89 
 
 
405 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
395 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
392 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
409 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 
394 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
384 aa  117  5e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 
373 aa  116  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
373 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 
386 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3025  extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 
382 aa  115  8.999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 
393 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 
404 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.78 
 
 
404 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  29.34 
 
 
404 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
383 aa  114  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  30.88 
 
 
375 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  29.58 
 
 
369 aa  113  5e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
403 aa  113  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  28.86 
 
 
373 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 
392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 
370 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  27.54 
 
 
392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.77 
 
 
397 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  28.34 
 
 
383 aa  111  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
368 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  32.06 
 
 
376 aa  110  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
396 aa  111  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 
390 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1842  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
394 aa  110  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.843132  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
393 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 
394 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
397 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0360  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
381 aa  110  5e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  28.29 
 
 
373 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.17 
 
 
401 aa  110  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  28.78 
 
 
384 aa  110  6e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
396 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
407 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
386 aa  109  8.000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1676  extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 
370 aa  109  8.000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000661006  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.34 
 
 
467 aa  109  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
390 aa  108  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
397 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 
383 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 
392 aa  108  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.5 
 
 
392 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
400 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
394 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
397 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
381 aa  108  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  30.09 
 
 
382 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  32.6 
 
 
339 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
406 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.34 
 
 
383 aa  107  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.39 
 
 
380 aa  106  6e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 
402 aa  106  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.46 
 
 
374 aa  106  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
374 aa  106  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>