More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3728 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
392 aa  773    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  64.36 
 
 
383 aa  468  9.999999999999999e-131  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  39.63 
 
 
374 aa  245  8e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 
398 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  38.62 
 
 
376 aa  232  9e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  37.29 
 
 
394 aa  231  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5345  extracellular ligand-binding receptor  35.79 
 
 
390 aa  229  4e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.040092  normal  0.403221 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  38.29 
 
 
384 aa  224  1e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  38.61 
 
 
399 aa  223  6e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  36.46 
 
 
404 aa  219  5e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  35.83 
 
 
402 aa  218  1e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  35.91 
 
 
404 aa  217  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.54 
 
 
404 aa  215  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  34.37 
 
 
419 aa  212  7.999999999999999e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  36.01 
 
 
392 aa  208  2e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  38.48 
 
 
378 aa  204  3e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4487  extracellular ligand-binding receptor  34.53 
 
 
384 aa  202  6e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00567759  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0862  extracellular ligand-binding receptor  37.36 
 
 
375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
390 aa  196  5.000000000000001e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  34.75 
 
 
390 aa  196  8.000000000000001e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  35.4 
 
 
386 aa  194  2e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2935  extracellular ligand-binding receptor  35.99 
 
 
386 aa  192  6e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.412779  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  35.99 
 
 
371 aa  191  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 
386 aa  190  4e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  35.8 
 
 
396 aa  186  9e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0265  extracellular ligand-binding receptor  35.73 
 
 
376 aa  185  1.0000000000000001e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000854786  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  36.88 
 
 
381 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2305  extracellular ligand-binding receptor  33.8 
 
 
380 aa  184  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  35.87 
 
 
370 aa  176  6e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  35.51 
 
 
384 aa  176  7e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  32.2 
 
 
376 aa  174  2.9999999999999996e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  33.79 
 
 
389 aa  174  2.9999999999999996e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  34 
 
 
388 aa  171  2e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  33.05 
 
 
397 aa  171  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  31.93 
 
 
387 aa  169  5e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0480  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  32.64 
 
 
391 aa  169  6e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.199357  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
395 aa  169  8e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 
369 aa  168  2e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1469  extracellular ligand-binding receptor  35.07 
 
 
370 aa  164  2.0000000000000002e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000103418  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1676  extracellular ligand-binding receptor  34.66 
 
 
370 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000661006  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  31.59 
 
 
405 aa  164  3e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  32.14 
 
 
383 aa  163  6e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  33.43 
 
 
391 aa  162  1e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 
396 aa  159  6e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  30.89 
 
 
387 aa  156  6e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2636  Extracellular ligand-binding receptor  35.22 
 
 
422 aa  154  4e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0870735 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 
382 aa  153  5.9999999999999996e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5603  Extracellular ligand-binding receptor  32.27 
 
 
393 aa  147  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.442467  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.73 
 
 
399 aa  147  5e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.36 
 
 
395 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0562  extracellular ligand-binding receptor  30.96 
 
 
385 aa  144  3e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.419655  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0475  Extracellular ligand-binding receptor  32.4 
 
 
372 aa  143  6e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000158967  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  30.56 
 
 
380 aa  142  8e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0399  branched-chain amino-acid ABC transport system periplasmic binding protein  33.15 
 
 
372 aa  142  8e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.34 
 
 
378 aa  142  9e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0610  Extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 
378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 
380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
379 aa  140  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 
394 aa  140  3e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 
381 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
379 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.25 
 
 
376 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  32.85 
 
 
381 aa  139  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  31.7 
 
 
376 aa  139  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6099  Extracellular ligand-binding receptor  30.14 
 
 
390 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1110  branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.42 
 
 
370 aa  137  3.0000000000000003e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  29.21 
 
 
379 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  30.47 
 
 
376 aa  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.38 
 
 
380 aa  135  9e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
379 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 
385 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  31.42 
 
 
379 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  32.37 
 
 
379 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  33.53 
 
 
381 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  32.27 
 
 
375 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 
400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  32.02 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1490  Extracellular ligand-binding receptor  30.6 
 
 
372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000299787  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  32.55 
 
 
381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.55 
 
 
402 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  30.48 
 
 
375 aa  130  3e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.21 
 
 
379 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
394 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  31.36 
 
 
373 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  32.68 
 
 
389 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  31.69 
 
 
373 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  30.64 
 
 
379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1205  extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 
384 aa  127  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000303202  normal  0.322412 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0533  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
393 aa  127  3e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000200352 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
389 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
401 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  31.07 
 
 
373 aa  127  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.64 
 
 
379 aa  126  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1038  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.65 
 
 
371 aa  126  7e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0869251  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  32.34 
 
 
376 aa  125  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  30.35 
 
 
379 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  30.35 
 
 
379 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  30.35 
 
 
379 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 
379 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  29.88 
 
 
374 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>