More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1208 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
396 aa  807    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  79.57 
 
 
396 aa  618  1e-176  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  63.51 
 
 
395 aa  496  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  33.25 
 
 
397 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  30.93 
 
 
390 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
410 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
415 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  30.57 
 
 
411 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 
384 aa  151  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
415 aa  147  5e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1173  extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 
408 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  30.12 
 
 
413 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
415 aa  140  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
415 aa  140  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
389 aa  139  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  30.24 
 
 
395 aa  139  8.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  30.15 
 
 
395 aa  135  9e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2316  extracellular ligand-binding receptor  28.22 
 
 
437 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29 
 
 
402 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 
417 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4064  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 
401 aa  132  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00184477  normal  0.421947 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  29.52 
 
 
392 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 
415 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1241  Extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 
406 aa  131  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 
406 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2341  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
405 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3968  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.34 
 
 
417 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2425  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
411 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.57 
 
 
376 aa  127  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
387 aa  126  9e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0857  extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
411 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
407 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  24.54 
 
 
412 aa  125  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  29.36 
 
 
406 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  31.14 
 
 
401 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
415 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 
399 aa  123  7e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 
402 aa  123  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
390 aa  122  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
395 aa  122  8e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
415 aa  122  9e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 
395 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
393 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  26.44 
 
 
415 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
401 aa  121  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  29.58 
 
 
382 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 
388 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  31.48 
 
 
395 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  28.8 
 
 
390 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1976  extracellular ligand-binding receptor  28.86 
 
 
406 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102141  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  27.97 
 
 
381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  28.77 
 
 
395 aa  119  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0498  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.48 
 
 
416 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1372  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
389 aa  119  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  30.92 
 
 
391 aa  119  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
417 aa  119  9e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1376  extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 
415 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.416271  normal  0.0984666 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
395 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  27.37 
 
 
392 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
392 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
389 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
417 aa  117  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 
389 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0172  Extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
395 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221424  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
382 aa  117  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0154  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
395 aa  117  5e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
390 aa  116  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
392 aa  117  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
397 aa  116  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 
392 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 
388 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 
389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 
400 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 
393 aa  114  3e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 
397 aa  114  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  28.11 
 
 
400 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  26.95 
 
 
398 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 
394 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
395 aa  112  9e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 
386 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  28.68 
 
 
397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  26.86 
 
 
390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 
419 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
402 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  27.93 
 
 
412 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0074  ABC branched-chain amino acid transporter substrate-binding protein  25.83 
 
 
394 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.78 
 
 
420 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4908  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.23 
 
 
399 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  28.24 
 
 
393 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3831  Extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
399 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  25.57 
 
 
391 aa  110  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 
393 aa  111  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
395 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  27.87 
 
 
418 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 
407 aa  110  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  28.97 
 
 
396 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
390 aa  110  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  26.55 
 
 
402 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>