More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4434 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
378 aa  766    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.4 
 
 
376 aa  166  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  32.96 
 
 
376 aa  151  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  34.88 
 
 
382 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  35.05 
 
 
386 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  33.79 
 
 
382 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  30.51 
 
 
382 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 
384 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
379 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 
383 aa  134  3.9999999999999996e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.81 
 
 
373 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
373 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
373 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  30.23 
 
 
383 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 
382 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 
461 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 
461 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 
373 aa  127  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 
375 aa  126  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 
371 aa  126  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  33.47 
 
 
386 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  31.47 
 
 
379 aa  125  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  30.17 
 
 
392 aa  124  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.7 
 
 
467 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  30.96 
 
 
381 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.55 
 
 
383 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
382 aa  125  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.04 
 
 
380 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.12 
 
 
382 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  30.12 
 
 
382 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2747  putative periplasmic substrate-binding protein  30.12 
 
 
382 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312608  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1756  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.12 
 
 
382 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0548138  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2846  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.12 
 
 
382 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 
382 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 
373 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2434  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.12 
 
 
382 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00891241  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 
382 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
382 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2810  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
377 aa  124  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.079562  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  28.26 
 
 
382 aa  124  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
371 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.4 
 
 
515 aa  123  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 
406 aa  123  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
371 aa  123  6e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
374 aa  122  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 
394 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.56 
 
 
402 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 
411 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
373 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
373 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 
380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 
376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  29.14 
 
 
399 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
394 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 
375 aa  120  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.74 
 
 
373 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  30.63 
 
 
380 aa  119  6e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 
373 aa  119  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3860  extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 
381 aa  119  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470803  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
393 aa  119  7e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
379 aa  119  7.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 
381 aa  119  9e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2866  periplasmic ligand binding lipoprotein  30.23 
 
 
662 aa  119  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.691628  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.67 
 
 
374 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
373 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  31.27 
 
 
379 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
394 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3401  extracellular ligand-binding receptor  30.61 
 
 
379 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.388266 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.81 
 
 
380 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.81 
 
 
376 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  29.81 
 
 
380 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.81 
 
 
380 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.81 
 
 
380 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 
376 aa  117  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.81 
 
 
380 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.81 
 
 
380 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
386 aa  117  3e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.7 
 
 
380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.7 
 
 
380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.7 
 
 
380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.25 
 
 
378 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  30.62 
 
 
379 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
398 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 
375 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.7 
 
 
380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  26.72 
 
 
392 aa  117  3.9999999999999997e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  29.1 
 
 
383 aa  117  3.9999999999999997e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  29.7 
 
 
380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1045  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 
378 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  31.45 
 
 
397 aa  117  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  29.7 
 
 
372 aa  117  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 
374 aa  116  5e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30 
 
 
380 aa  116  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 
383 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
402 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 
383 aa  116  7.999999999999999e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
390 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.87 
 
 
402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>