More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_5642 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
411 aa  818    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  60.16 
 
 
407 aa  474  1e-132  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  38.15 
 
 
406 aa  264  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  33.58 
 
 
413 aa  251  1e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  36.58 
 
 
403 aa  230  4e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.51 
 
 
406 aa  227  3e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.51 
 
 
406 aa  227  4e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  34.83 
 
 
401 aa  217  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
453 aa  193  5e-48  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  32.56 
 
 
459 aa  188  1e-46  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
470 aa  182  8.000000000000001e-45  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0446  extracellular ligand-binding receptor  32.02 
 
 
392 aa  176  9.999999999999999e-43  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0117  extracellular ligand-binding receptor  30.6 
 
 
414 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 
406 aa  145  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  31.16 
 
 
407 aa  143  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.33 
 
 
385 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2303  extracellular ligand-binding receptor  30.69 
 
 
432 aa  137  4e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.620777 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  30.85 
 
 
439 aa  132  9e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
394 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1544  extracellular ligand-binding receptor  30.1 
 
 
428 aa  131  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
402 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  29.52 
 
 
414 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 
383 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.54 
 
 
381 aa  125  2e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  28.84 
 
 
383 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  29.84 
 
 
383 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  27.71 
 
 
416 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 
415 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
397 aa  120  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  27.54 
 
 
416 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  28.23 
 
 
413 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  28.75 
 
 
381 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 
406 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  29.07 
 
 
402 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 
400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 
418 aa  113  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 
417 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
434 aa  110  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 
421 aa  109  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
416 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
414 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.7 
 
 
401 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 
408 aa  106  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.8 
 
 
376 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4443  extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 
413 aa  105  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2205  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
418 aa  103  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  28.68 
 
 
339 aa  104  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2499  twin-arginine translocation pathway signal  27.01 
 
 
407 aa  103  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  25.89 
 
 
425 aa  103  8e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
416 aa  102  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  25.21 
 
 
431 aa  98.2  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 
400 aa  97.4  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
377 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.57 
 
 
396 aa  93.2  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
378 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 
436 aa  93.2  8e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  26.59 
 
 
373 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4808  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
382 aa  92  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.86 
 
 
387 aa  90.9  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 
376 aa  90.9  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08861  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  25.89 
 
 
425 aa  90.9  4e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1048  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  26.19 
 
 
425 aa  90.5  5e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.293483  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6455  hypothetical protein  27.3 
 
 
397 aa  90.5  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000370315  hitchhiker  0.00000000486051 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19191  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  26.19 
 
 
425 aa  90.5  5e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  27.54 
 
 
393 aa  90.1  6e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 
386 aa  90.1  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 
386 aa  90.1  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  26.32 
 
 
373 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.6 
 
 
386 aa  89.4  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.08 
 
 
403 aa  89.4  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0360  extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
381 aa  89.4  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 
397 aa  89  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  24.59 
 
 
431 aa  88.6  2e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0829  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  25.65 
 
 
425 aa  88.6  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
372 aa  88.6  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
405 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
376 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3401  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 
381 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
369 aa  87.8  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3836  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
410 aa  87.4  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.335848  normal  0.119891 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0643  Extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
395 aa  87.4  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 
390 aa  86.7  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
382 aa  87  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
386 aa  86.7  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 
376 aa  86.7  7e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  31.3 
 
 
373 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 
382 aa  85.5  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
421 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
421 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 
401 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
434 aa  85.1  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 
402 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
384 aa  85.1  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
383 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 
378 aa  85.5  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 
402 aa  84.3  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  25.43 
 
 
371 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  28.78 
 
 
395 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
389 aa  84.3  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1682  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
410 aa  84.7  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000183641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>