More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_1706 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
434 aa  885    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  66.59 
 
 
421 aa  604  9.999999999999999e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  68.03 
 
 
417 aa  583  1.0000000000000001e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  33.5 
 
 
418 aa  202  9.999999999999999e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  31.24 
 
 
416 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  31.07 
 
 
416 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  32.08 
 
 
415 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  32.39 
 
 
407 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  33.17 
 
 
394 aa  182  1e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  30.87 
 
 
414 aa  179  7e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  33.99 
 
 
406 aa  176  7e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 
414 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  30.44 
 
 
400 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  32.03 
 
 
402 aa  160  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  28.67 
 
 
416 aa  158  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 
416 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 
397 aa  148  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
406 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.99 
 
 
401 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 
453 aa  145  1e-33  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  31.87 
 
 
408 aa  143  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.49 
 
 
387 aa  143  7e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 
403 aa  143  7e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.64 
 
 
385 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
413 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
418 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
383 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  28.64 
 
 
383 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
400 aa  139  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 
459 aa  139  1e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.72 
 
 
383 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.49 
 
 
403 aa  136  8e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
402 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.11 
 
 
406 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.11 
 
 
406 aa  132  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  30.15 
 
 
339 aa  127  6e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  25.49 
 
 
436 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2827  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
458 aa  123  6e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.11004  normal  0.674457 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  29.27 
 
 
401 aa  121  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
470 aa  120  3e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
401 aa  121  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2268  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
413 aa  120  6e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0458822  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0446  extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
392 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
390 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
376 aa  110  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.8 
 
 
381 aa  107  3e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
398 aa  107  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
406 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 
417 aa  106  9e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.71 
 
 
395 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.34 
 
 
376 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2279  extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 
448 aa  102  9e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
372 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
411 aa  102  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 
407 aa  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  31.35 
 
 
386 aa  100  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
368 aa  100  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 
378 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 
379 aa  99.4  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
378 aa  99  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
378 aa  99  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 
378 aa  99  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
382 aa  97.8  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 
382 aa  98.2  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 
381 aa  98.2  3e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.97 
 
 
404 aa  97.8  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
375 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
392 aa  97.1  5e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 
376 aa  97.1  5e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  26.71 
 
 
368 aa  97.1  6e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
390 aa  97.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
384 aa  96.7  7e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  26.74 
 
 
368 aa  96.7  8e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 
399 aa  95.1  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0326  extracellular ligand-binding receptor  22.62 
 
 
441 aa  95.1  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.933316  normal  0.182521 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3025  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
382 aa  95.5  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 
372 aa  94.4  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
409 aa  94.7  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 
374 aa  94.4  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
404 aa  94.4  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6487  extracellular ligand-binding receptor  32.97 
 
 
415 aa  94  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203833  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  29.96 
 
 
373 aa  93.2  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
404 aa  93.2  8e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1941  Extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 
416 aa  93.2  8e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 
379 aa  93.2  8e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  27.43 
 
 
382 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
394 aa  92.4  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.53 
 
 
397 aa  92.8  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
372 aa  92.4  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 
383 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
384 aa  91.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 
376 aa  91.7  3e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4089  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  26.68 
 
 
428 aa  90.9  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120438  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  29.61 
 
 
405 aa  90.9  4e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 
397 aa  90.9  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3416  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
383 aa  90.5  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
367 aa  90.5  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4919  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.33 
 
 
380 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
378 aa  90.1  7e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 
406 aa  90.1  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>