More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_1562 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
406 aa  808    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  67.47 
 
 
402 aa  519  1e-146  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  35.51 
 
 
417 aa  192  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  33.73 
 
 
416 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  33.57 
 
 
414 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  34.18 
 
 
414 aa  189  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  33.73 
 
 
416 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  33.9 
 
 
415 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  35.11 
 
 
403 aa  183  4.0000000000000006e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  33.5 
 
 
434 aa  181  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  33.17 
 
 
407 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  31.8 
 
 
416 aa  177  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  31.17 
 
 
416 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 
413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  34.21 
 
 
408 aa  172  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.47 
 
 
387 aa  169  7e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  30.27 
 
 
421 aa  164  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.71 
 
 
401 aa  159  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  35.96 
 
 
406 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  30.56 
 
 
418 aa  157  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
397 aa  154  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 
411 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 
406 aa  145  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 
394 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 
401 aa  145  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 
418 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.45 
 
 
406 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.45 
 
 
406 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  35.4 
 
 
413 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 
402 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 
400 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  35.4 
 
 
374 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 
383 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3335  extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 
370 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.87 
 
 
385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.8 
 
 
383 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
383 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0549  extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 
453 aa  127  3e-28  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.183642  hitchhiker  0.0000167924 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  33.06 
 
 
383 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1972  extracellular ligand-binding receptor  28.19 
 
 
403 aa  127  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 
459 aa  125  1e-27  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 
401 aa  123  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  32.51 
 
 
379 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  32.4 
 
 
378 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  32.51 
 
 
379 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.51 
 
 
375 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  32.43 
 
 
368 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.51 
 
 
379 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  32.4 
 
 
378 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  32.43 
 
 
378 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 
407 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  32.51 
 
 
379 aa  121  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  32.51 
 
 
379 aa  121  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  32.51 
 
 
379 aa  121  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.43 
 
 
383 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 
378 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
400 aa  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 
372 aa  118  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  30.85 
 
 
372 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  31.86 
 
 
379 aa  117  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.96 
 
 
379 aa  116  6e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
436 aa  116  6e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  32 
 
 
376 aa  116  7.999999999999999e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  31.3 
 
 
379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.89 
 
 
376 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  28.76 
 
 
373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  31.3 
 
 
379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  32.06 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  31.58 
 
 
379 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  31.58 
 
 
379 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  31.58 
 
 
379 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  31.76 
 
 
339 aa  114  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  28.5 
 
 
373 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
383 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  30.19 
 
 
371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.02 
 
 
379 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.88 
 
 
382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
382 aa  111  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2279  extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 
448 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.208973 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
417 aa  110  4.0000000000000004e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  34.41 
 
 
373 aa  110  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 
382 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1092  Extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 
434 aa  108  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.629609  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2827  extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
458 aa  108  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.11004  normal  0.674457 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 
372 aa  108  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  30.79 
 
 
371 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
375 aa  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.82 
 
 
396 aa  106  7e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
376 aa  106  7e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  27.85 
 
 
374 aa  106  8e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  31.1 
 
 
393 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  29.37 
 
 
374 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 
373 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0848  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
470 aa  105  2e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.762199 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
382 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0446  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
392 aa  104  3e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
461 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 
461 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  32.81 
 
 
370 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
381 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>